真核基因表达调控1.pptVIP

* 1. DNA识别或结合域 常见的DNA结合域包括碱性氨基酸结合域、酸性激活域、谷氨酰胺富含域、脯氨酸富含域等。 螺旋-转折-螺旋结构 （helix-turn-helix）。这类蛋白质分子中有至少两个α螺旋，中间由短侧连氨基酸残基形成“转折”，近羧基端的α螺旋中氨基酸残基的替换会影响该蛋白质在DNA双螺旋大沟中的结合。 Some helix-turn-helix DNA-binding proteins /swxbx/shuangyu/8.htm 锌指结构（zinc finger）。锌指结构家族蛋白包括锌指、锌钮和锌簇结构，有锌参与时才具备转录调控活性。与DNA的结合较为牢固，特异性也很高。 类固醇激素受体家族含有连续的两个锌指结构，以同源或异源性二聚体的方式将两个α螺旋结合在相邻的两个大沟中。 Cartoon representation of the Cys2His2 zinc finger motif, consisting of an α helix and an antiparallel β sheet. The zinc ion (green) is coordinated by two histidine residues and two cysteine residues. His Cys Cartoon representation of the protein Zif268 (blue) containing three zinc fingers in complex with DNA (orange). The coordinating amino acid residues and zinc ions (green) are highlighted. Cys2/His2 fingers: Cys-X2-4-Cys-Phe-X5-Leu-X2-His-X3-His Cys2/Cys2 fingers: Cys-X2-Cys-X13-Cys-X2-Cys 已知的锌指结构主要发现于促进RNA聚合酶II和RNA聚合酶III转录的转录因子中。 碱性-亮氨酸拉链（basic-leucine zipper），即bZIP结构。蛋白中每隔6个氨基酸就有一个亮氨酸残基，导致第7个亮氨酸残基都在螺旋的同一方向出现。 以二聚体形式与DNA结合，亮氨酸拉链区并不直接结合DNA，肽链氨基端20～30个富碱性氨基酸结构域与DNA结合，但以碱性区和亮氨酸拉链结构域整体作为基础。 碱性-螺旋-环-螺旋（basic-helix-loop-helix，bHLH）。在免疫球蛋白κ轻链基因的增强子结合蛋白E12与E47中，羧基端100～200个氨基酸残基可形成两个两性α螺旋，被非螺旋的环状结构所隔开，蛋白质的氨基端则是碱性区，其DNA结合特性与亮氨酸拉链类蛋白相似。 bHLH类蛋白只有形成同源或异源二聚体时，才具有足够的DNA结合能力。当这类异源二聚体中的一方不含有碱性区（如Id或E12蛋白）时，该二聚体明显缺乏对靶DNA的亲和力。 同源域蛋白（homoe domains）。同源域蛋白是指编码60个保守氨基酸序列的DNA片段，它广泛存在于真核生物基因组内，由于最早从果蝇homeoticloci（该遗传位点的基因产物决定了躯体发育）中克隆得到而命名，同源转换基因与生物有机体的生长、发育和分化密切相关。 同源域蛋白形成3个α螺旋。C端α螺旋有17个氨基酸，结合DNA大沟。N端臂插入DNA小沟。 含同源域的蛋白质可能是转录的激活剂或阻抑物。 触足复合群基因 2. 转录活化结构域 在真核生物中，反式作用因子的功能由于受蛋白质-蛋白质之间相互作用的调节变得精密、复杂，完整的转录调控功能通常以复合物的方式来完成，因此，是否具有转录活化域就成为反式作用因子中唯一的结构基础。 反式作用因子功能具有多样性，其转录活化域也有多种，通常依赖于DNA结合结构域以外的30-100个氨基酸残基。 在不同的转录活化域有下列特征性结构： 带负电荷的螺旋结构。哺乳动物细胞中糖皮质激素受体的两个转录活化域，AP1家族的Jun及GAL4都有酸性的螺旋结构，它们可能与TFIID复合物中某个通用因子或RNA聚合酶II本身结合，具有稳定转录起始复合物的作用。 富含谷氨酰胺的结构。SP1是启动子GC盒的结合蛋白，共有4个参与转录活化的区域，其中最强的转录活化域含25%左右的谷氨酰胺。 富含脯氨酸的结构。CTF-NF1因子羧基端富含脯氨酸（达20%～30%），很难形成α螺旋。在Oct2、Jun、AP2、SRF等哺乳动物因子中也有富含脯氨酸的结构域。 发生在转录之前的，染色体水平上的结构调整，称为基因表达的表观遗传调控。DNA修饰，组蛋白修饰 8.3 真核基因表达的染色质修饰