复习2-2015-526.pptx

生物信息数据库一、 引言 分子生物学 及相关领域研究人员迅速获得最新实验数据生物分子数据 高速增长建立生物分子数据库生物信息数据库几个明显的特征：（1）数据库的更新速度不断加快数据量呈指数增长趋势（2）数据库使用频率增长更快（3）数据库的复杂程度不断增加（4）数据库网络化（5）面向应用（6）先进的软硬件配置一个数据库记录(entry)一般由两部分组成：?1.?原始序列数据(sequence?data)?2.?描述这些数据生物学信息的注释(annotation)?注释中包含的信息与相应的序列数据同样重要和有应用价值。数据的完整性和注释工作量：?1.?序列数据广，序列注释不够完整?2.?库数据面窄，序列注释全面数据库的动态更新：?1.?不断增加?2.?不断修正 分子生物信息数据库种类繁多。归纳起来，大体可以分为4个大类，即基因组数据库、核酸和蛋白质一级结构数据库、生物大分子(主要是蛋白质)三维空间结构数据库、以及由上述3类数据库和文献资料为基础构建的二次数据库。 基因组数据库来自基因组作图，序列数据库来自序列测定，结构数据库来自X射线衍射和核磁共振等结构测定。这些数据库是分子生物学的基本数据资源，通常称为基本数据库、初始数据库，也称一次数据库。v生物信息数据库一级数据库v数据库中的数据直接来源于实验获得的原始数据，只经过简单的归类整理和注释二级数据库v对原始生物分子数据进行整理、分类的结 果，是在一级数据库、实验数据和理论分析 的基础上针对特定的应用目标而建立的 。生物信息数据库 基因组 数据库 /genomics/papers/s_cerevisiae.html核酸序列 数据库蛋白质序列 数据库蛋白质结构 数据库基因组图谱? DNA序列蛋白质序列http://www.ebi.ac.uk/genomes/蛋白质结构染色体 核酸蛋白质基因组作图 序列测定 结构测定国际著名的生物信息中心 NCBI? National?Center?for?Biotechnology?Information?(US)?EBI? European?Bioinformatics?Institute?(EU)?HGMP Human?Genome?Mapping?Project?Resource?Centre? (UK） ExPASy Expert?of?Protein?Analysis?System?(Switzerland?)?CMBI Centre?of?Molecular?and?Biomolecule?(The?Netherlands)?ANGIS National?Genome?Information?Service?(Australia)?NIG National?Institute?of?Genetics?(Japan)?BIC National?Bioinformatics?Centre?(Singapore)一级数据库简介1、核酸序列数据库 国际上权威的核酸序列数据库 （1）欧洲分子生物学实验室的EMBL? http://www.embl.de/http://http://www.embl.de/www.embl-heidelberg.de（2）美国生物技术信息中心的GenBank? /Web/Genbank/index.html/Web/Genbank/index.html?（3）日本遗传研究所的DDBJ? http://www.ddbj.nig.ac.jp/http://www.ddbj.nig.ac.jp三大主要核酸序列数据库GenBank由美国国立生物技术信息中心（NCBI）维护的一级核酸序列数据库由欧洲分子生物学实验室与1982年创建，并由欧洲生物信息中心(EBI)负责维护相互合作，每天交换更新核苷酸序列数据EMBLDDBJDDBJ (DNA Database of Japan)创建于1986年，由日本国家遗传学研究所负责管理/genomics/papers/u_urealyticum.html? 三个数据库中的数据基本一致，仅在数据格式上有所差别，对于特定的查询，三个数据库的响应结果一样。? /Web/Genbank/index.html这三个数据库是综合性的/Web/Genbank/index.htmlDNA/Web/Genbank/index.html和/Web/Genbank/index.htmlRNA/Web/Genbank/index.html序列数据库，每条记录代表一个单独、连续、附有注释的DNA或RNA片段。美国的核酸数据库GenBank 从1979年开始建 设,1982年正式运行〖Banson,D.A.?et?al.?(1998)?Nucleic?Acids?Res.?26,?1-7〗欧洲分子生物学实验室的E