EXP01_Spartan精选.doc

上机实习1 软件模块: 任务: 要点: 在自己的上提交任务; 如何. 步骤: 一路Next，最后点击Install即可。遇到下图所示框，点击Cancel，继续安装。 安装完成之后，将Spartan08\Crack文件夹中所有的文件复制粘贴到C:\Program Files\Wavefunction\Spartan08V120中。 启动Spartan08软件即可。 Spartan08建模 打开Spartan08软件，下图为界面介绍： 以CH3CH2OH为例 点击 先画一个乙烷分子，再将其中的一个H原子替换成OH 删除原子、改变键、删除键 删除原子：在要删除的原子上 点击即可。 备注：左击进行三维空间转动、Shfit+左击进行二维空间转动、右击进行平动 Ctrl+左击对选中的分子进行三维空间转动、Ctrl+Shfit+左击对选中的分子进 行二维空间转动、Ctrl+右击对选中的分子进行平动、鼠标滚轮进行放大缩小、 Alt+左击进行绕轴旋转、Alt+右击进行轴向伸缩。（选中的分子一定是独立的分子） 分子构建完成后，点击View Spartan08结构优化 对构建好的CH3CH2OH进行结构优化： 设置计算参数 提交任务 查看任务 任务结束，查看分子能量等信息，右击，即可出现图中菜单框 Spartan08寻找过渡态 示例： 构建CH2=CHOH分子，并进行结构优化； 将上述得到的结果另存一份用于做TS； 寻找TS 过渡态计算参数设置 备注：计算IR，即计算频率，通过频率判断过渡态是否合理。 提交任务即可 结果分析 计算活化能 练习并完成“实验课上机独立上述演示的操作，熟悉软件的使用方法 乙醇分子的结构进行优化，比较重叠式和交错式的分子结构的区别，两种结构的相对稳定性，建立结构后不要进行clean，用PM3） 优化萘磺酸和甲基丙烯酸甲酯分子。 寻找CH3-CH=CHOH转化成CH3CH2CHO反应的过渡态，并计算活化能。 注意：所有计算如未做特殊说明，均采用演示中的设置，AM1。 New View、Add Delete、Makebond、Breakbond Clean 测/定义键长、角 固定键长、角 寻找过渡态 结构库 2、在已画的分子的非中心 原子上点击一次再画一个分子 3、在空白处双击一次添加一个分子 1、点击一次画一个分子 点击 替换 选择想要的键型，之后在对应的键上双击 双击 双击 成键 断键 单击 点击两个原子或键 可以测键长，也可以指定键长 切记：各功能有相应的图标，箭头应该在 对应图标上切换！ 相当于软件里的Clean Charge、Spin Job Type 方法 step1：鼠标切换到TS，点击a，再点击b，出现a-b的转移；点击c，按着Shfit+点击H+点击C，显示H原子转移。 step1 step2 a b c TS 设置步长 设置步数 看反应过程 i表示负频，只有 过渡态才为负频 双击 播放动画 点击Make List之后在界面上会有多出一个分子，在原来分子上的某个原子上双 击即可进入该分子图层，File-Close即可将该图层关闭。剩下的图层便是有反应 动画的。 R TS