2015生物多样性信息学进展.docVIP

生物多样性信息学研究进展与发展趋势 许哲平1，陈彬1，王利松1，乔慧捷2，刘凤红1，覃海宁1，纪力强2，马克平1 1 中国科学院植物研究所，北京 100093 2 中国科学院动物研究所，北京 100101 摘要 随着大数据时代的来临，传统的生物多样性研究开始逐渐向数据密集型的科研方式过渡。国际上，生物多样性信息学在不同类型的数据库平台（名录、标本、文献、照片、社区等）建设、分析和建模方法、集成式的学科思想趋势和产品等方面都有较好的发展。近年来，我国对基础性科技平台项目的支持力度快速加强，在专业数据库平台（物种生物多样性相关平台、遗传多样性相关平台和专业文献平台等）、公民科学平台和国际合作等方面取得了良好进展，在生物标本数字化、生物物种名录的编研和公民科学平台等方面具有一定的优势。未来的生物多样性信息学将会在全球生物多样性信息学展望(GBIO）的整体框架下，加强与物种相关的宏观和微观数据的整合，充分利用开放的技术和云平台，建立和管理科学工作流，推动生物多样性科学的信息化和现代化。我国未来则需要在资源整合和挖掘、数据共享和公民科学平台等方面继续加强建设，并通过亚洲生物多样性保护与信息网络（ABCDNet）等渠道向亚洲区域辐射，不断增强国际影响力。 关键词：生物多样性信息学；公民科学；物种名录；数据挖掘；信息服务；科学工作流； 引言 当前，由于全球环境变化，特别是生物多样性快速丧失，引起国际社会和各国政府的广泛关注。人们对生物多样性重要性认识越来越深刻。而随着信息技术在生物多样性研究领域的不断渗透和大数据时代的到来，生物多样性研究与信息技术融合产生的新学科——生物多样性信息学(biodiversity informatics) 也逐步形成和发展。这是一门利用信息技术，对生物多样性基础数据的采集收藏、存储管理、检索共享和分析解释的新学科，其内容覆盖了系统学、进化生物学、居群生物学、行为科学，以及从传粉生物学到寄生病学和植物群落学等领域（王利松等，2010）。 目前，生物多样性信息学的核心问题是解决 有什么、在哪里和怎么用的问题。①有什么主要通过生物物种名录来回答，包括分类学名称的处理及其系统结构，ＤＮＡ序列信息，特别是条形码数据，主要用于分类和构建系统树；②在哪里主要通过标本数字化/地标化、文献数字化、公民科学的观察数据、遥感影像解译出的生态系统/生境结构和分布数据、模型预测的物种潜在分布信息等；③怎么用主要通过在线工具和科学工作流等eScience平台，实现生物多样性信息整合和深度挖掘，为相关学科的研究人员、决策者和管理者提供个性化服务。为了实现这三个目标，需要信息学的帮助，主要是数据标准、在线管理与共享平台，包括可视化等方面的技术。近年来，国际上生物多样性信息学发展非常迅速。在数据方面，物种名录从Species 2000的135万条物种名称（2013年版），到uBio（）的1110万条生物名称，再到GNA（Global Name Architecture）的2000多万条名称。在标本数据方面，GBIF(Global Biodiversity Information Facility)已经累计有4亿条各类生物观测数据。在文献方面，BHL(Biodiversity Heritage Library)已经扫描上线了11.6万册（4131万页）的生物多样性文献资料。在DNA条形码数据方面，目前iBOL(The International Barcode of Life)已经积累了18.1万种的224.3万条测序，距离2015年底完成50万种500万条测序的目标还有一段距离，但是总体看完成任务难度不大；而NCBI(National Center for Biotechnology Information)上面有近1.35亿条序列可以开放获取。数据增长和应用的需求必须要有数据标准相适应，灵活性和兼容性都很强的Darwin Core Archive则为多源数据的使用和集成提供了良好的便利，GBIF等项目也为其提供了多种处理和分析工具。 数据和工具在科研工作中是基础环节，需要更多科研和政策需求的驱动。随着Species 2000、GBIF等以数据积累为目标的生物多样性信息学项目或网络体系的不断发展，一些新项目和网站开始出现, 包括国际对地观测组织生物多样性观测网络(GEO BON)、欧盟的生物多样性e-Science项目（LifeWatch)、澳大利亚的Atlas of Living Australia项目和美国的DataONE观测项目。在项目发展方面，公民科学项目不断涌现，成为传统项目的有益补充。这些项目都从不同方面来完善和补充生物多样性的数据，并提供个性化的功能和工具。此外，国际学术会议也为各国同行的交流提供了良好的平台，TDWG