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康成生物甲基化芯片技术服务 DNA甲基化在人的正常发育、X染色体失活、衰老以及许多人类疾病（如发育畸形、癌症、心血管疾病、糖尿病和神经心理失调等）过程中发挥重要作用。Agilent公司有完整的探针集供研究者选择，研究者可根据感兴趣的组织、基因组区域自己定制各种不同探针密度的芯片。 严格的质控体系 为了保证实验结果的可靠性，从基因组DNA片断的大小到染色质免疫共沉淀的成功与否都有完善的质控措施。 专业的数据处理软件 Agilent公司专门设计了ChIP Analytics Software软件处理甲基化芯片数据，保证研究者更好检测出DNA甲基化事件并降低错判率。该软件还有可视化数据浏览器功能，研究者可方便的将数据定位到基因组上，结合各种已有的基因组注释进行研究 甲基化芯片技术示意图 将基因组DNA超声打断成400bp-500bpDNA片段； 加热变性并将变性后的单链DNA样品分成两份； 其中一份单链DNA样品加入抗5’-甲基化胞嘧啶核苷抗体。 使用免疫磁珠法分离C步样品中甲基化DNA片段的抗体复合物，样品中其余的非甲基化DNA片段被洗脱； 纯化免疫共沉淀的DNA片段（MeDIP）；视需要可对MeDIP与Input样品进行扩增； 对MeDIP(Cy5)与Input(Cy3)样品分别进行标记； 标记后的MeDIP与Input样品混合、变性，与DNA微阵列芯片杂交； 用高解析度芯片扫描仪检测杂交信号；对杂交结果进行数据提取、标准化、峰值分析、报告。 Agilent 甲基化芯片产品列表： Agilent 芯片格式 探针解析度 描述 Human CpG Islands 244K x 1 195K 探针在CpG岛内，50K探针在CpG岛间 探针平均间距95bp 数据来源UCSC hg17(NCBI Build35) 覆盖约27800 个CpG岛 Mouse CpG Islands 2 x 105K 97652个CpG岛探针 探针平均间距95bp 数据来源UCSC mm8(NCBI Build36) 覆盖16030个CpG岛 Human Promoter 244K x 2 探针覆盖转录起始位点上游5.5kb至下游2.5kb 平均每基因探针数25个 探针平均间距195bp 数据来源UCSC hg17(NCBI Build35) 覆盖约17000个RefSeq数据库中已研究清楚人转录本的启动子 Mouse Promoter 244K x 2 探针覆盖转录起始位点上游5.5kb至下游2.5kb 平均每基因探针数25个 探针平均间距200bp 数据来源UCSC mm7(NCBI Build35) 覆盖约17000个RefSeq数据库中已研究清楚小鼠转录本的启动子 NimbleGen DNA甲基化芯片 NimbleGen的专利光导合成技术可制作高密度的长片断Oligo探针（50-85mer）芯片，结合高严谨度的杂交方法可得到具高灵敏度和特异性的结果，另外，因为NimbleGen公司的DNA甲基化检测实验使用双色标记（Cy3/Cy5），同一张芯片上的信号变异几乎可以忽略。 图A 用NimbleGen公司的芯片验证DNA甲基化 从原始探针信号数据，经过数据校正得到log2(IP/input)值，此值代表每个探针在IP DNA和input DNA中的相对富集强度。计算每个探针的p-value（ACME算法），p值表示log2(IP/input)值是由随机因素造成而非真实值的概率，图中为方便观看以 －log10 p代替原始p值。根据每个探针的p值计算相应的peaks（代表可能的甲基化区域），结合基因组基因和CpG位点注释可非常方便地进行研究。 图B 检测不同样本中DNA甲基化差异 由ENCODE数据库设计的DNA微阵列芯片结合MeDIP法(甲基化DNA免疫共沉淀)可检测不同肿瘤样本中的DNA甲基化差异。图B中可明显看出肿瘤样本B比肿瘤样本A有更多的区域发生了DNA甲基化。 NimbleGen含CpG岛和启动子的芯片系列 — 单芯片设计覆盖所有UCSC注释的CpG岛和所有RefSeq数据库基因的启动子区。覆盖了人的28226个CpG岛和小鼠的15963个CpG岛，人的启动子区覆盖区为1kb而小鼠的为1.8kb（小鼠基因组的CpG岛的出现频率比人的低）。特别针对小的CpG岛向两翼延伸使之达到700bp的覆盖范围从而更可靠地被检测。包括DNA甲基化阳性对照区，如HoxA、H19/IGF2、KCNQ1基因簇，IGF2R基因。 产品目录号 产品名 物种 基因组版本 CpG 岛数 启动子上游Tiling (bp) 启动子下游 Tiling (bp