BRB-ArayTools使用手册.doc

BRB-ArrayTools Version 3.7 User’s Manual byDr. Richard SimonBiometrics Research BranchNational Cancer InstituteandAmy Peng LamThe EMMES CorporationNovember, 2008Translated by YujianDec, 2008目录目录 2绪论 4 软件目的 4 软件功能概览 4 单通道实验须知 7软件安装 7 系统需求 7 安装软件 7 加载到Excel整理数据 8 整理过程概览 8 整理过程中的数据输入 9 使用整理对话框 14 整理步骤的输出 22筛选数据 24 点样筛选 24 数据转化 25 基因筛选 27 基因子集 27注释数据 28 使用基因列表定义基因注释 28 自动导入基因注释 30 Gene Ontology 30数据分析 32 散点图工具 32 层次聚类分析工具 33 样本的多维尺度化 37 使用分类预测工具 37 分类比较分析 38 分类预测分析 43 生存分析 49 数量性状分析 50 预测分析、生存分析和数量性状分析工具中的某些可用选项 51 随机方差模型 51 用于控制假阳性比例和个数的多元置换检验 51 指定重复实验和配对样本 53 GO数据库的观测值与期望值分析 54ArrayTools中的可编程插件 55 已预装的插件 55更多帮助 56 一些小技巧 56 安装问题答疑 59汇报问题 61参考文献 62感谢 63写在最后 64绪论软件目的BRB-ArrayTools是一款为了DNA基因芯片数据分析而设计的集成软件包，由Dr.Richard Simon所领导的生物识别小组所开发（隶属于美国国家癌症研究所癌症治疗与诊断分部）。BRB-ArrayTool能够处理来自多种实验的表达谱数据，包括可视化、多维尺度、聚类基因和样本、分类预测样本等等。BRB-ArrayTools可以通过匹配DNA芯片的CloneID、GenBank号、UniGene编号连接NCBI数据库，或者通过芯片的ProbesetID连接Affy公司的NetAffy站点获取探针的详细信息。BRB-ArrayTools可以被用来分析单、双通道的基因芯片数据。该软件便携易用，表现为不受任何特定芯片平台、扫描仪器、图像分析软件或数据库的限制。ArrayTools以Excel加载宏的形式呈现，所以用户界面对于生物学家来说非常熟悉。具体的计算由Excel外部的复杂且强大的分析工具负责，对于用户则不可见。现有的工具组件会随着分析方法的发展而不断更新。软件功能概览BRB-ArrayTools可执行以下功能： 整理数据向程序导入用户数据并且比对整理来自不同实验的基因。软件可以载入无限多的基因，而在实验方面，之前最多导入249个的限制已在3.4版本中移除，当然，具体数目肯定会受限于计算机内存。所有探针可以只来自于一张芯片，或者最多（重复）分布在5张芯片，用户可以选择是否