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Structure Searchingwith STN Express 台灣永光化學工業股份有限公司 研發處嚴佳琳 2000年9月22日 課程的目的 (1)用STN Express去建立、修正、儲存化學結構的檢索策略。 (2)用STN Express將已建立的結構進入REGISTRY file作下列三種形態的物質檢索： EXACT FAMILY SUBSTRUCTURE (3)找出以結構檢索的化學物質及其文獻資料。 (4)用關鍵字及索引找特定化學物質文獻資料。 課程內容綱要 序言(Introduction) 化學結構的繪製 (Structure Drawing) 化學結構的檢索 (Structure Searching) 建立檢索結構的策略 (Structure Building Strategies) 序言(Introduction) 使用結構檢索的理由 STN中可進行結構檢索資料庫 進行結構檢索的基本步驟 STN Express簡介 化學結構的繪製 啟動STN Express 繪圖工具介紹 移動結構式的工具 化學結構的檢索 結構檢索的步驟 Step 1：建立檢索的化學結構 Step 2：儲存檢索的化學結構 Step 3：與STN系統連線 Step 4：進入可以執行結構檢索的資料庫 Step 5：上載已繪製好的結構 Step 6：執行結構檢索 Step 7：找出此結構的物質及其文獻資料 找出該物質參考資料 檢索結果的儲存及再使用 Step 8：離開STN系統 建立檢索結構的策略 STN Express Structure Query 系統預設值 Ring 設定 (案例一) Chain Atoms設定 (案例二) Chain Bonds設定(案例三) Bond Variability設定(案例四) Bond Variability設定(案例五) Atom Variations設定(案例六) G-Groups設定(案例七) VPA設定(案例八) 使用結構檢索的理由 1 看到如下所繪結構式，可使用的檢索方式 1.使用化學命名： ?完整的化學命名檢索(/CN)：化學名稱必須完整且與資料庫表達的方式一致。 Benzeneacetonitrile,.alpha.-[3[[2-(3,4-dimethoxyphenyl) ethyl]methylamino]propyl]-3,4-dimethoxy-.alpha.-(1-methylethyl) ?部份的化學名稱檢索：需使用多個分割的命名，檢索費用較難掌控。(Registry File US$3.60/@key word) 使用結構檢索的理由 2 看到如下所繪結構式，可使用的檢索方式 2.使用分子式： ?本結構的分子式為C27H38NO4 ，在Registry中相同的分子式超過200個。 3.使用結構式： ?每一個化合物有其獨立的結構式 STN中可進行結構檢索資料庫 REGISTRY為CAS所提供，是STN中最大的化學物質資料庫，本次研討會均以此資料庫為主，但所提到的檢索技巧，在其它資料庫也可使用。 進行結構檢索的基本步驟 Build the structure fragment 建立結構 Search the structure fragment 搜尋結構 Display the compounds retrieved 印出利用此結構找到的化合物 Locate the desired information about the compounds 找出此化合物的出處或特定相關資訊 本研討會以 Build、Search 為上課重點。 STN Express簡介 1 用以繪製化學結構 可於離線(Offline)繪製化學結構或線上(Online)修改化學結構。 ※於線上(Online)繪製或修改化學結構，一般需於15分鐘內回到線上狀態，且因未離線，因此仍會被收取連線費。 ※若所需建立或修改之結構較為複雜，建議先以LOGOFF HOLD離線，將結構建立完全再重新連線。[利用LOGOFF HOLD離線，須在60分鐘內再連線，才能回到前次離線前的狀態] 可利用預先建置的結構(templates)及shortcuts快速建立化學結構。 STN Express簡介 2 作為通訊軟體 可利用自動Login程序快速進入STN系統。 ※本研討會所提之Structure檢索必須透過STN Express自動Login方能執行。 STN Express簡介 3 直接下載檢索內容及編輯 可將文字及結構資訊下載至自己的電腦。 ※ STN Express下載的資料若含有結構式，會產生二個檔案(主要檔名相同但附加檔名不同：*.trn及*.gra)，此二檔案必須同時存在於同一個資料夾(Folder)