454测序技术FAQ课件.pptVIP

* One Fragment = One Bead Emulsification of beads and fragments in water-in-oil microreactors emPCR (emulsion PCR) Amplification Clonal amplification of fragments bound to beads in microreactors One Bead = One Read Sequencing by synthesis TET – turmor suppressor; KRAS cell division regulation; RUNX! Binds to enhancer/promoters; CBL, cell signaling pathways, mutation leads to acute myeloid leukemia; absorption, distribution, metabolism and excretion’ CFTR: Cystic Fibrosis transmembrane conductance regulator ABL1，AKT2，ALK，APC，ATM，BAX， BCL2，BCL6，BLM，BMPR1A，BRAF，BRCA1， BRCA2，CDKN2A，CTNNB1，EGFR，EPHB2，ERBB2， EWS R 1 ， FANCA， FANC C， FANC D2 ， FANC E ， FANC F ， FANCG， FAS ， F B XW7 ， F E S ， FG F R1 ， FGFR2，FGFR3，FLT3，FLT4，FOXO1，FOXO3，GLI1， HMGA2，TLX1，TLX3，HOXA11，HOXA9，HOXC13， HOXD11，HOXD13，JAK2，KIT，KRAS，MAP2K4， MDM2，MECOM，MEN1，MET，MLL，NOTCH1， NRAS，NTRK1，NTRK3，PDGFB，PDGFRA，PDGFRB， P I K3CA，PTEN，R B1 ，R ET ，R UNX1 ，SMAD2 ， SMAD4，STK11，TGFBR1，TGFBR2，TP53，TSC1， TSC2，VHL，WTIP other cancer biomarker including P53,AKT1,NLRP and so on had been tried by 454. * * This slide illustrates how short reads cannot map specifically onto a repetitive DNA region, and you need longer reads that can span the entire region from unique to unique across the rept DNA portion. * 什么是宏基因组研究？ 宏基因组即各种生态生物环境中全部微小生物遗传物质的总和。主要研究环境样品中的微生物群体基因组, 通过功能基因筛选和测序来掌握微生物的多样性、种群结构、进化关系、功能活性、相互协作关系及与环境之间的关系。 由于占环境中99%的微生物种群不能够或者很难在实验室环境下培养，宏基因组学使人类得以了解这些微生物群落的细节，从而成为热门的微生物研究方法。 实验方法：环境样本DNA提取，进行16S或18S等区域扩增，再对扩增产物进行建库、测序，然后对所得的数据进行生物信息学分析。 目标客户群包括: CDC，CIQ，微生物制品公司，如疫苗生产QC，环境/生态学实验室，远洋研究，法医鉴证，微生物工业化生产，基础科研微生物研究院/室 什么是序列捕获技术？ 序列捕获就是从一个总的样本库中，将感兴趣的序列挑选出来。 目前主要的方式是针对感兴趣的区域设计单链的寡核苷酸探针，将探针与样本中的单链目标序列进行杂交，再洗脱出这些被杂交的序列。类似基因芯片的概念。可以在固相芯片以及也液相芯片中进行，Roche NimbleGen提供该类产品。 在使用该方法前，需要对感兴趣的区域设计PCR引物，分别进行扩增，可能要进行很多PCR实验，操作繁琐，时间长。利用探针的方法可以减少工作量和时间。 序列捕获后测序可以获得大量序列中研究人员感兴趣的序列，可以聚焦研究资源，减少测序成本或者提高测序覆盖度。 我们在GS Junior上推出了什么Assay? 第一个是GType HLA HR and MR Assay，即中度分辨率或者高分辨率的进行HLA分型。 HLA分型有两部份重要的应用 其一是在骨