生物信息学应用：序列比对与数据库搜索.pptVIP

蛋白质序列比对 氨基酸替换矩阵 氨基酸替换次数表(Dayhof等,1979) 总计观测到1572次替换；表中次数均已乘10；祖先序列不明时，次数以平分处理 氨基酸相对突变力(mi)和频率fi 根据可观测点突变资料得到的氨基酸相对突变力(mi)和频率fI (Dayhoff等，1979) 250PAM突变概率矩阵(Dayhoff等,1979) *表中数值均乘以100；舍入误差使本表结果与上二表计算结果不完全相等。 * 例: 步骤1: 初始化打分矩阵： S0,0 = 0 S0,j = -j * gap Si,0 = -i * gap Sm,n = optimal score 步骤2: 计算Si,j 步骤3: 回溯最佳对齐路径 打分： Match +2分 mis-match -3分 Gap (insertion deletion) -1分 最佳匹配： 1. AGCT_ 2. A_GCT A_ _TG ATG_ _ 局部比对工具 Smith-Waterman算法：执行局部比对的动态规划算法。适用于亲缘关系较远、仅具有局部区域相似性的序列。(JMB, 147, 195-197, 1981)MPSrch程序 SSearch 速度慢 Needleman-Wunsch算法的改造 其它基于DP的实现方法 结构-遗传矩阵 C S T P A G N D E Q H R K M I L V F Y W 6 4 2 2 2 3 2 1 0 1 2 2 0 2 2 2 2 3 3 3 C 6 5 4 5 5 5 3 3 3 3 3 3 1 2 2 2 3 3 2 S 6 4 5 2 4 2 3 3 2 3 4 3 3 2 3 1 2 1 T 6 5 3 2 2 3 3 3 3 2 2 2 3 3 2 2 2 P 6 5 3 4 4 3 2 2 3 2 2 2 5 2 2 2 A 6 3 4 4 2 1 3 2 1 2 2 4 1 2 3 G 6 5 3 3 4 2 4 1 2 1 2 1 3 0 N 6 5 4 3 2 3 0 1 1 3 1 2 0 D 6 4 2 2 4 1 1 1 4 0 1 1 E 6 4 3 4 2 1 2 2 1 2 1 Q 6 4 3 1 1 3 1 2 3 1 H 6 5 2 2 2 2 1 1 2 R 6 2 2 2 3 0 1 1 K 6 4 5 4 2 2 3 M 6 5 5 4 3 2 I 6 5 4 3 4 L 6 4 3 3 V 6 5 3 F 6 3 Y 6 W V E D Q K L S K C N ? V E N K L T R P K C D 对齐： V E D Q K L S ? ? K C N V E N ? K L T R P K C D ? V E D Q K L S K C N V 6 4 3 2 3 5 2 3 2 2 E 4 6 5 4 4 1 3 4 0 3 N 2 3 5 3 4 1 5 4 2 6 K 3 4 3 4 6 2 3 6 0 4 L 5 1 1 2 2 6 2 2 2 1 T 3 3 2 3 4 2 5 4 2 4 R 2 2 2 3 5 2 3 5 2 2 P 3 3 2 3 2 3 4 2 2 2 K 3 4 3 4 6 2 3 6 0 4 C 2 0 1 1 0 2 4 0 6 2 D 3 5 6 4 3 1 3 3 1 5 ? V E D Q K L S K C N V 6 4 3 2 3 5 2 3 2 2 E 4 6 5 4 4 1 3 4 0 3 N 2 3 5 3 4 1 5 4 2 6 K 3 4 3 4 6 2 3 6 0 4 L 5 1 1 2 2 6 2 2 2 1 T 3 3 2 3 4 2 5 4 2 4 R 2 2 2 3 5 2 3 5 2 2 P 3 3 2 3 2 3 21 2 2 2 K