MCPBpy制备金属离子力场.pptVIP

* * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 用MCPB.py的方法生成锌离子力场 整体思路：按照tutorial （/tutorials/advanced/tutorial20/mcpbpy.htm）去做。 用到的软件：Amber (AmberTools 15 or Higher) 及Gaussian09 制作人：月牙泉 tutorial具体操作过程中遇到的问题及解决方法 1、准备PDB、mol2文件 制作ZN.pdb:新建文件，从原pdb文件中复制出ZN的pdb文件信息，保存成pdb格式。 运行：antechamber -fi pdb -fo mol2 -i ZN.pdb -o ZN_pre.mol2 -at amber -pf y 手动修改生成的ZN_pre.mol2文件中的的ZN离子类型为ZN（一定要注意大小写），并修改电荷为2.0，然后另存为ZN.mol2。 2、加氢 （网址：）,保存top，crd文件。 运行：ambpdb -p 0.15_80_10_pH7.2_3spu.top -c 0.15_80_10_pH7.2_3spu.crd 3spu_Hpp.pdb 修改3spu_Hpp.pdb中与ZN形成配位键的氨基酸类型，保存为3spu_Hpp_fixed.pdb。通过可视化软件进行修改，一般用chimera进行手动修改。修改方法：一般主要只将His修改成相应的HIE,HID类型。（后文将详细讲解） 3、合成新的PDB文件 运行：cat 3spu_Hpp_fixed.pdb ZN.pdb 3spu_H.pdb KeyError:”HIE-HD1” 这个错误所提示的是：HIE在δ位有H； 注意：HIE和HID的区别，HIE是在ε位有H，δ位没有H；HID是在δ位有H，ε位没有H；HIP在δ、 ε位都有H。 解决方法：通过VMD、Chimera等确定His的类别，然后修改pdb文件，并删除多余的H。 分别是HIS、HIE、HID 特别注意 利用加H网站加H后，要特别注意用chimera查看与zn形成配位键的His的C、N互换的情况，如果不注意那么就会使后面的结果无法进行。在对3q6x进行操作时，加氢之后只修改了HIS的类型，然后继续进行操作，到了MCPB.py -i 3q6x.in -s 3b这一步时就出现如下的错误： ***Check the residue names provided... You gave the residue names: [HE1, HD1, AP1, HE2, CS1, HE3, ZN1, ZN2, Z71] Database had them: [91-HIE, 93-HID, 95-ASP, 179-CYS, 221-HIE, 242-ZN, 243-ZN, 244-ZZ7] Traceback (most recent call last): File /usr/software/Amber/amber14/bin/MCPB.py, line 594, in module premol2fs, mcresname, 1, chgfix_resids, g0x, lgchg) File /usr/software/Amber/amber14/lib/python2.7/site-packages/mcpb/resp_fitting.py, line 529, in resp_fitting raise pymsmtError(Error: The number of the residue names given is pymsmtexp.pymsmtError: Error: The number of the residue names given is mismatch the database! 错误的原因及解决方法 出现氨基酸数目不匹配的情况的原因是： 我们在输入文件3spu.in中规定了cut_off = 2.8但是在生成的3spu_Hpp.pdb中，因为120位His的C、N互换使得原来的ε-N偏离到了C的位置上，那么此时ZN与120位上的ε-N的距离就大于2.8埃了，那么就不会将120位的His算为ZN的sidechain里面了，但是可能是在MCPB.py -i 3q6x.in -s 2s这一步时程序会计算进去，导致了这样的错误。 解决方法：通过chimera查看原来的pdb文件与生成的3spu_Hpp.pdb中互换的部分，然后手动修改pdb文件，进行保存即可。一定要在修改完pdb文件后再通过chimera或者时vmd检查确认，预防眼花修改错误了。 4、生成Guassian准备文