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第七章 蛋白质结构预测 主讲人：孙 啸 制作人: 刘志华 东南大学 吴健雄实验室 第一节 引言 蛋白质结构预测问题 序列——结构——功能 结构预测问题 解决方法 寻找一种从蛋白质的氨基酸线性序列到蛋白质所有原子三维坐标的一种映射 蛋白质结构预测主要有两大类方法： （1）理论分析方法 通过理论计算（如分子力学、分子动力学计算）进行结构预测。 （2）统计的方法 对已知结构的蛋白质进行统计分析，建立序列到结构的映射模型，进而对未知结构的蛋白质根据映射模型直接从氨基酸序列预测结构。 包括： 经验性方法 结构规律提取方法 同源模型化方法 第二节 蛋白质二级结构预测 蛋白质 序列： ↓ 二级结构： 二级结构预测 蛋白质 序列： 二级结构： QLMGERIRARRKKLK → STHHHHHHHHHHHHT 1、二级结构预测概述 蛋白质的二级结构预测的基本依据是： 每一段相邻的氨基酸残基具有形成一定二级结构的倾向。 二级结构预测问题是模式分类问题 二级结构预测的目标： 判断每一段中心的残基是否处于?螺旋、?折叠、转角（或其它状态）之一的二级结构态，即三态。 基本策略（1）相似序列→相似结构 基本策略（2）分类分析 α螺旋 二级结构预测的方法大体分为三代：