微阵列第10次课.pptVIP

第九章 DNA微阵列分析 黄仲曦 基础医学院肿瘤研究所 GeneChip? Human Mapping 10K Array GeneChip? Human Mapping 10K Array Loss-of-Heterozygosity (LOH)杂合性丢失 如果一个遗传标记（例如SNP）在正常组织是杂合性基因型而在肿瘤组织是纯合性基因型，则称为杂合性缺失。 提示染色体异常；常与抑瘤基因相关。 Observed LOH 隐藏马尔科夫模型推断 LOH SNP芯片和表达谱芯片整合分析 思考题 SNP芯片拷贝数分析的基本过程？ * 《微阵列设计与分析》 * 在人类基因组上大约每1000bp就有一个SNP * 基因组范围内的SNP作图发现上百万个SNP并保存数据库。 Single nucleotide polymorphisms (SNPs) 单核苷酸多态性 ? Affymetrix Inc. ? Affymetrix Inc. ? Affymetrix Inc. T T Normal First genetic hit Cancer T T X OR 杂合性丢失示例 Loss of Heterozygosity (LOH) T T X T X T X A B A A A A B ? M.Meyerson Making LOH calls Retention