16S信息分析报告2-北京奥维森.docxVIP

16srDNA信息分析1.标准信息分析（初级）1.1基本数据处理（使用内部撰写的程序对原始的测序数据进行基本处理）通过Illumina平台（Miseq）进行Paired-end测序，下机数据经过去除低质量reads(Q20,90%标准过滤)，并trim掉reads2 尾部100bp 低质量序列；每个样品数据产出详细统计结果见下表：表1-1 reads数据统计：# Samples# HQ reads (total)# HQ reads (mean±SD)CA17110,6516,509±2,175HC19163,6908,615±3,081LK13127,4169,801±2,858Total49401,7578,199±2,992注：原来的样本中CA15由于原始Reads数太少（只有23条）而被删除，因此目前的样本总数为49个1.2去除 barcode 序列，引物序列及 tags过滤通过COPE软件（Connecting Overlapped Pair-End，V1.2.3.3），利用重叠关系将双末端测序得到的成对reads组装成一条序列。利用内部编写程序去除两端barcode 序列，引物序列。 Paired End Reads通过reads之间的overlap （19个碱基）关系拼接成Tags；然后去掉barcode序列，引物序列。为了得到高质量的Tags，将拼接的Tags按