NEURON.ppt

NEURON软件介绍 NEURON 是一系列可扩展的神经系统建模和仿真的程序的集合，为结合实验数据的单个神经元和神经网络提供仿真环境。NEURON建模的理论根据为电缆理论，利用通过电阻连接的房室模型近似电缆方程的方法，求解电压和电流的纵向传播。 NEURON使用的编程语言为hoc和NMODL。hoc是在UNIX编程环境下基于浮点计算开发的，与C语言类似。hoc语言为NEURON用户提供了构建神经模型、设置模型性质、模型仿真等功能。NMODL为模型描述语言，用于定义生物机制，例如离子通道、突触传递;NMODL是一门独立于hoc的编程语言，通过hoc解释程序提供的接口，将NMODL定义的生物机制插入到hoc定义的神经模型。 房室模型的基本概念 NEURON是基于房室模型建模的，通过房室模型构建电缆模型 ( A )具有树突,胞体和轴突的锥体细胞. (B) 相同的神经元的离散房室简化模型 NEURON软件结构图 hoc 解释程序 仿真引擎 hoc命令 文本编辑 hoc命令 集成环境编译 NMODL 编译器 通过文本定义NMODL模型 图形用户接口 数据文件接口 hoc编程语言 数据类型 hoc提供的数据类型包括数字，字符串和对象 过程控制 顺序结构、选择结构和循环结构 if (表达式) 语句 if (表达式) 语句1 else 语句2 while (表达式) 语句 for (表达式1; 表达式2; 表达式3) 语句 for var = 表达式1, 表达式2, 表达式3 语句 hoc编程语言—函数与过程 函数 func 函数名() { 语句 return 语句 } 注：函数必须有返回值 过程 proc 过程名() { 语句 } func addf(){ print $1,+,$2,=,$1+$2 return $1+$2 } ocaddf(9,6) 9 +6 =15 15 proc addp(){ print $1,+,$2,=,$1+$2 } ocaddp(9,6) 9 +6 =15 NEURON常用的文件类型 文件后缀 说明 hoc hoc代码文件 ses 会话文件，保存用户会话 nrn *.nrn文件一般用于设置神经元的形态结构 mod *.mod,模型描述文件 用NMODL语言编写的代码文件 dat 数据文件，用文本格式编写的数据文件 hoc常用命令 关键字 作用 create 创建神经部件，格式：create 神经部件名 对于同名的神经组织，会先撤销再重建 connect 连接两个神经部件，格式： connect 子部件(0或1)，父部件(x) 将子部件0或1一端连接到父部件的x(0x1)处 access 对神经部件进行访问，格式：access 神经部件名 insert 将机制或通道插入到当前访问的神经部件中 uninsert 将机制或通道从当前访问的神经部件中撤销 forall 访问当前文件中的所有神经部件， 格式：forall 语句 secname 返回当前访问的神经部件的名字 load_file 载入文件，如load_file(“nrngui.hoc”) hoc中的面向对象技术 hoc语言实现了面向对象编程的部分功能，在hoc中，对象可以为函数，过程和数据的集合，其中数据包括向量、列表、图像和文件等。在使用实例化一个对象之前，需要通过关键字objref 或者objectvar先定义一个对象关联变量，objref声明为对象提供一个容器，然后创建一个类的实例，语法格式如下： objref varname varname = new Classname(x) varname.attribute = value  objref stimsoma stim = new IClamp(0. 5)stim. amp = 0. 1stim. del = 1stim. dur = 0. 1 NMOLD语言 可以通过NMODL代码创建如下类型的机制：可以通过NMODL代码创建如下类型的机制： 被动漏电流和局部跨膜分流 电极刺激 电压-门控通道 有限空间内的离子积累 缓冲，离子扩散和主动传输 突触传递 NMODL—NEURON模块 NEURON模块的格式为： NEURON{ SUFFIX ... RANGE ... GLOBAL ... NONSPECIFIC_CURRENT ... USEION ... READ ... WRITE ... VALENCE real POINT_PROCESS ... POINTER ... EXTERNAL