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计算分子生物学 /OcwWeb/Biology/7-91JSpring2004/LectureNotes/index.htm 课程要求 上课点名 上机 作业 考试 算法与复杂性 计算生物学/理论生物学与传统生物学的关系 实验永远起着决定作用 计算/理论生物学的发展离不开实验生物学的贡献 实验生物学日益依赖计算/理论生物学的指导 Outline 算法是什么？ 生物学算法与计算机算法 找钱的问题 正确的与错误的算法 递归算法 迭代算法与递归算法的比较 快速算法与慢速算法的比较 大 记号 算法设计技术 2.1 算法是什么？ 通俗地讲，算法就是为了解决一个适当的公式化表示的问题而必须执行的一系列指令。 例如：1+2+3+。。。+100=？ 本课程介绍如何设计算法来解决生物学的问题。我们将讨论常用的生物信息学算法的工作原理及其设计原理。 搞清楚算法的工作原理能够帮助我们提高对计算结果的信心；弄明白算法的设计原理能够让我们更清醒的认识到算法的潜在弱点进而改进之。 算法是什么 第一步面临准确识别所遇到的问题，也即问题的数学描述。 然后是利用算法技术设计或者选用一种算法来解决问题。 算法会涉及到一些问题：最简单的有正确性和运行时间的问题。 Phylogenetic Analysis of HIV Virus Lafayette, Louisiana, 1994 – A woman claimed her ex-lover (who was a physician) injected her with HIV+ blood Records show the physician had drawn blood from an HIV+ patient that day But how to prove the blood from that HIV+ patient ended up in the woman? HIV Transmission HIV has a high mutation rate, which can be used to trace paths of transmission Two people who got the virus from two different people will have very different HIV sequences Three different tree reconstruction methods (including parsimony) were used to track changes in two genes in HIV (gp120 and RT) HIV Transmission Took multiple samples from the patient, the woman, and controls (non-related HIV+ people) In every reconstruction, the woman’s sequences were found to be evolved from the patient’s sequences, indicating a close relationship between the two Nesting of the victim’s sequences within the patient sequence indicated the direction of transmission was from patient to victim This was the first time phylogenetic analysis was used in a court case as evidence (Metzker, et. al., 2002) Evolutionary Tree Leads to Conviction 伪代码 计算机解决算法问题需要借助某种程序设计语言如C语言，每一个细节都必须用完全正确的格式明确的传达给计算机，而很多问题对于人类很自然就能明白。 为了弄明白算法是如何工作的，又不需要达到计算机能识别的程度，用接近计算机语言的方式来书写算法执行过程。也就是伪代码（pseudocode）。 2.1.1 赋值 2.1.2 算数运算 2.1.3 条件语句 2.1.4 循环语句 2.1.5 while循环 2.1.6 数组存取 Outline 算法是什么？ 生物学算法与计算机算法 找钱的问题 正确的与错误的算法 递归算法 迭代算法与递归算法的比较 快速算法与慢速算法的比较 大 记号 算法设计技术 2.2 生物学算法与计算机算法 生物体执行生命过