NCBIBLAST使用.doc

NCBI的BLast最好生物核酸的数据库NCBI是在NIH的国立医学图书馆（NLM）的一个分支。NLM是因为它在创立和维护生物信息学数据库方面的经验被选择的，而且这可以建立一个内部的关于计算分子生物学的研究计划。NCBI的任务是发展新的信息学技术来帮助对那些控制健康和疾病的基本分子和遗传过程的理解。 ??? ?? BLAST是一个NCBI开发的序列相似搜索程序，还可作为鉴别基因和遗传特点的手段。BLAST能够在小于15秒的时间内对整个DNA数据库执行序列搜索。NCBI提供的附加的软件工具有：开放阅读框寻觅器（ORF Finder），电子PCR，和序列提交工具，Sequin和BankIt。所有的NCBI数据库和软件工具可以从WWW或FTP来获得。NCBI还有E-mail服务器，提供用文本搜索或序列相似搜索访问数据库一种可选方法。 ????? NCBI的BLast种类介绍? Gapped BLAST （2.0） — 一种BLAST版本，允许在它产生的对齐（alignments）中存在缺口。统计有效性的评估是基於使用随机序列的优先模拟。在不久的将来，所有对Gapped BLAST的访问都要通过QBLAST。 ? QBLAST — 一种新的系统，允许用户以他们方便的方式检索Gapped BLAST结果，并且可以用各种格式选项多次格式化他们的结果。这个系统也使NCBI更有效的使用计算资源，更好的为大家服务。到1999年秋季，QBLAST系统用於所有的BLAST搜索。 ? PSI-BLAST — 位点特异迭代BLAST — 用蛋白查询来搜索蛋白资料库的一个程式。所有被BLAST发现的统计有效的对齐被总和起来形成一个多次对齐，从这个对齐，一个位置特异的分值矩阵建立起来。这个矩阵被用来搜索资料库，以找到额外的显著对齐，这个过程可能被反复迭代一直到没有新的对齐可以被发现。 ? PHI-BLAST — 模式发现迭代BLAST — 用蛋白查询来搜索蛋白资料库的一个程式。仅仅找出那些查询序列中含有的特殊模式的对齐。 ? BLAST两个序列 — 一个基於BLAST的工具，对齐两个核酸或蛋白的序列，产生一个成对的DNA-DNA或蛋白—蛋白序列比较。 ? IgBLAST —IgBLAST被开发出来以便於分析在GenBank中的免疫球蛋白的序列。它允许用blastp或blastn来搜索nr资料库或一个由免疫球蛋白生殖系变化区基因的特殊的资料库。搜索可以限制在人类或小鼠的基因。IgBLAST执行三个主要的功能1）报告与查询序列最相似的可变，D，或J区，2）根据Kabat et al.来注解免疫球蛋白domains（从FWR1到FWR3），3）对於搜索核酸或蛋白nr资料库，通过匹配IgBLAST的发现和最接近的生殖系变化区基因来简化识别相关序列的过程。 ? PowerBLAST —PowerBLAST是一个程式，允许对非常长的序列进行快速的gapped BLAST搜索，它把序列分割开，对每个部分搜索，然後把结果组装起来。包含在Sequin中的PowerBlast版本使用了新的强大的gapped BLAST演算法，过滤和物种特异的输出特点还仍旧保留。 ? BLAST E-mail伺服器 — 基於e-mail的序列相似搜索服务，接受FASTA格式的核酸或蛋白序列。如果要获得帮助档，给blast@写一封只有内容为HELP的E-Mail。 ? 网路BLAST — 一个WWW Entrez基於TCP/IP的客户-伺服器版本。直接通过Internet来连接NCBI的资料库来检索资料。有PC，Mac，Unix，版本的客户软体。 ? 单独的BLAST — 下载可用於本地执行使用的BLAST。二进位版本有IRIX 6.2, Solaris 2.6, DEC OSF1 (ver. 4.0d), LINUX, 和 Win32系统。BLAST资料库同样可以下载。 专门的BLAST页面 ? BLAST人类染色体 — 人类染色体测序页面的一部分。 ? BLAST against Drosophila melanogaster genome sequence - see additional information on the Drosophila genome above. ? BLAST against dbSNP - additional information about dbSNP is above. ? Microbial Genomes BLAST Databases - BLAST against finished and unfinished microbial genomes. ? BLAST against P. falciparum