基于spring mvc框架的微生物群落生物信息数据库系统的设计与实现3.doc

基于Spring MVC框架的微生物群落生物信息数据库系统的设计与实现 摘要 随着生物学的快速发展，人类已经获得了大量的生物分子数据，并且生物分子数据的积累正在以级数增长。如何有效的将这些数据合理的组织起来，为研究者和使用者提供一个良好的使用和研究平台，成为摆在了生物学家面前亟待解决的一个问题。生物信息学的研究范围很广，其研究对象与生物数据直接相关。因此，各种生物数据库的建立和管理是一切生物信息学工作的基础和出发点。微生物群落生物信息数据库主要分为一级数据库和二级数据库。其中，一级数据库的数据直接来源于原始的实验数据包括核酸和蛋白质两类，两者都只经过简单地整理和注释。一级数据库数据量大，更新速度快，数据通过网络进行发布。二级数据库的构建很少来源于直接的实验数据，往往是结合某一研究领域的实际需要，通过搜索已知数据库(主要为一级数据库)的数据信息，并对其进行加工整理而成。二级数据库专一性强，数据质量高。本文的微生物群落生物信息数据库属于二级数据库。 本文合理利用CVS(Version Control System)即版本控制系统来提高程序空间的利用率，来协助一组开发人员共同高效地开发一个工程以及如何来提高程序员的开发效率。本文共分为六章，内容安排如下：第一章介绍微生物群落生物信息数据库国内和国外的发展现状，同时对现存的微生物群落生物信息数据库存在的问题进行简要分析，确定本文所要研究的若干内容。第二章介绍微生物群落生物信息数据库系统在构建过程中所要用的相关技术知识。包括J2EE框架知识、Servlet技术、Log4j组件和CVS版本控制系统等。第三章微生物群落生物信息数据库系统的设计。第四章微生物群落生物信息数据库系统的实现。主要从微生物群落生物信息数据库中的Spring MVC模式，log4j. OSCACH E和CVS在微生物群落生物信息数据库中的结合两个方面进行介绍。第五章对本文进行了总结。 关键词：Spring MVC模式；微生物群落生物；信息数据库系统；设计 Analysis on the Design and Implementation of Biological Information Database System Based on the Microbial Community of Spring MVC Framework Abstract With the rapid development of biology, mankind has acquired a lot of biomolecular data, and the accumulation of biomolecular data is growing in series. How effective will these data reasonably organized, to provide researchers and users and the study of the use of a good platform, as before the biologists a problem to be solved. Bioinformatics research scope is very wide, and its research object is directly related to biological data. Therefore, the establishment of various kinds of biological database and management is the basis and starting point of the bioinformatics job. Biological information database is mainly divided into the primary database and secondary database. Among them, the level of the database data directly is from the original experimental data including two types of nucleic acid and protein, both of which only after simply sorting and comments. The primary database data quantity is big, update speed, data released through the network. Secondary database building rare