第五讲_分子动力学模拟的Lammps实现.pptVIP

B、使用L-J势模拟裂纹的扩展 L-J 无量纲化计算中的单位 B、使用L-J势模拟裂纹的扩展 Lammps计算输入文件 # 2d LJ crack simulation(问题的基本初始化) dimension 2 #2维分子动力学模拟 boundary s s p #x,y方向不存在周期边界条件，z方向周期边界条件。 atom_style atomic #原子类型（金属） Neighbor 0.3 bin #建近邻表参数（rc+0.3）bin表示为近邻表类型。 neigh_modify delay 5 #间隔多少载荷步重新形成近邻表 Lammps计算输入文件 # create geometry创建初始几何构形 Lattice hex 0.93 #指定晶格类型（二维hex）和晶格常数 Region box block 0 100 0 40 -0.25 0.25 #定义一个区域 create_box 5 box #在指定区域建立一个simulation box,5表示原子类型的种类数 create_atoms 1 box #在simulation box中创建类型为1的原子（原子位置初始化） Mass 1 1.0 Mass 2 1.0 Mass 3 1.0 Mass 4 1.0 Mass 5 1.0 #指定单个原子的质量 Lammps计算输入文件 # LJ potentials(指定原子作用势) pair_style lj/cut 2.5 #指定lj势，截断半径为2.5 pair_coeff * * 1.0 1.0 2.5 #指定lj势参数 # define groups（便于加载） Region 1 block INF INF INF 1.25 INF INF Group lower region 1 #定义lower组（便于施加外加速度） Region 2 block INF INF 38.75 INF INF INF Group upper region 2 #定义upper组（便于施加外加速度） Group boundary union lower upper #定义总边界组 Group mobile subtract all boundary #定义可动原子组（便于统计温度） Lammps计算输入文件 region leftupper block INF 20 20 INF INF INF region leftlower block INF 20 INF 20 INF INF group leftupper region leftupper group leftlower region leftlower #定义左上、左下原子组（便于指定裂纹的存在） set group leftupper type 2 set group leftlower type 3 set group lower type 4 set group upper type 5 #指定原子类型（便于指定裂纹的存在） Lammps计算输入文件 # initial velocities初始化速度 compute new mobile temp #定义温度的计算（可动区域内统计平均） compute new2 mobile stress/atom #定义原子应力的计算（整个区域） Velocity mobile create 0.01 887723 temp new #按指定的温度（0.01）计算方法，初始化原子的速度 Velocity upper set 0.0 0.3 0.0 #upper原子组y方向的速度为0.3 Velocity mobile ramp vy 0.0 0.3 y 1.25 38.75 sum yes #mobile原子的速初始度从0到0.3线性变化 # fixes施加约束 fix 1 all nve #nve系综的积分算法 fix 2 boundary setforce NULL 0.0 0.0 #边界boundary上力条件，钢化原子，便于加载！！ Lammps计算输入文件 # run运行计算 timestep 0.003 #时间间隔步 Thermo 200 #每200步输出热动力学统计量 thermo_modify temp new #计算温度通过new指示的方法计算 neigh_modify exclude type 2 3 #原子2，3之间作用取消（也就是通过不使他们在近邻表中出现实现） Dump 1 all atom 500 dump.crack #每隔500步将原子信息写入文件dump.crack Dump 2 mobile custom 500 d