生物信息学软件.docVIP

目录 生物信息学软件(X10001)………………………………………………………………… 1 生物信息挖掘技术(X10002)……………………………………………………………… 3 功能基因组学(X10003) …………………………………………………………………… 5 统计遗传学研究进展(X10004)……………………………………………………… 7 生物芯片表达谱分析技术(X10005)……………………………………………………… 9 医用多因素分析 (X10006) ……………………………………………………………… 11 医学结构生物信息学（X10007）………………………………………………………… 13 SCI论文与学位论文写作（学院自开课程）……………………………………………… 16 生物信息学软件 Bioinformatics software 课程编号： X10001 开课教研室： 生物信息教研室 总学时数： 20学时 学 分： 1学分 主讲教师： 肖 云 开课学期： 第1学期 教材名称： 生物信息学 出 版 社： 人民卫生出版社 出版时间： 2010年 主 编： 李 霞 课程简介：生物信息学软件主要是为研究生开设的基础课。课程内容为生物信息相关专业课程（，课程内容的体系结构涉及功能注释、表达分析以及网络分析等，主要为培养我院各专业研究生灵活运用软件解决问题的能力，使学生通过本课程的学习，能够熟练掌握一些主要的生物信息学软件。 教学目的：该门课程学习的目的，是使学生熟练掌握一些应用广泛的生物信息学软件，并能运用所学软件分析和解决生物信息科研中的实际问题。本课程从多个层面覆盖生物信息各方面常用的软件，如生物学功能注释、系统生物学分析等。本课程重点讲授Cytoscape及其插件的应用。 教学重点及要求掌握的内容： 一、注释软件 Biomart（2学时） 简介 bioMart是一个集成了生物学数据的大型集成数据库，包括Ensemble, Uniprot, NCBI, EBI, TAIR等常用的数据库 主要功能 它可以轻松地完成的在多个生物学数据库上繁琐地检索，获取相关数据在不同数据库间的关联。 实例分析 查找某个基因在染色体上的位置。反之，给定染色体每一区间，返回该区间的基因s 二、功能分析软件 David（2 学时） 主要功能 主要用于基因的功能富集分析，包括GO富集分析以及KEGG通路富集分析. 实例分析 给定某一基因集合，分析其显著参与的生物学过程 三、网络可视化与分析软件 Cytoscape及其插件（16学时） 简介 Cytoscape是一个开源的生物信息软件平台，它可以对分子互作网络及生物学通路进行可视化分析，并且可以根据需要将网络相关的注释信息、基因表达谱和其他类型的数据整合到网络中。 主要功能 可视化蛋白质互作、转录调控网络 对网络进行基础分析，如度，聚类系数等 对网络进行模块划分 实例分析 从任意一互作数据库中下载互作数据，并从GEO上下载一套case/control表达谱数据进行差异表达分析，最后利用软件把差异表达基因在映射到互作网络中并进行可视化。 插件介绍 BiNGO，APCluster，MCODE，OmicsAnalyzer，NetworkAnalyzer，RandomNetworks 参考书目及文献： Durinck, S., Moreau, Y., Kasprzyk, A., Davis, S., De Moor, B., Brazma, A. and Huber, W. (2005) BioMart and Bioconductor: a powerful link between biological databases and microarray data analysis, Bioinformatics, 21, 3439-3440. Maere, S., Heymans, K. and Kuiper, M. (2005) BiNGO: a Cytoscape plugin to assess overrepresentation of gene ontology categories in biological networks, Bioinformatics, 21, 3448-3449. Shannon, P., Markiel, A., Ozier, O., Baliga, N.S., Wang, J.T., Ramage, D., Amin, N., Schwikowski, B. and Ideker, T. (2003) Cytoscape: a software environment for integrated mode