启动子预测教程.docxVIP

前段时间在丁香园上查找关于启动子分析的文章，帖子很多，但感觉介绍得都不够详细，而且时间比较久远，对于新手来说不是很明白和清楚，小弟在此借花献佛，在各位前辈大能的基础上略加总结，希望对需要的人有所帮助。不当之处也请各位指正！注意事项：如果你想问有没有什么捷径，能够既保证查找目的基因启动子区域快速、准确、而又简洁方便明了的话，请看本帖最后一页不过看完请记得顶哦！对于要分析的基因，我们需要搞清楚它的一些基本信息，第一步借助NCBI 上的Genbank查找目的基因5 端上游序列，在此以SEPT4/ARTS基因为例。首先我们进入Genbank界面（/genbank/）search SEPT4 /ARTS 0搜索结果中第一个就是我们要的Homo sapiens目的基因，可以自己根据研究内容进行选择0点击进入就可以看到该基因非常详细的信息：可以找到该基因在染色体上的定位 Location : 17q22近几年相关的研究文章 Related articles in PubMed 及它编码的四个mRNA和蛋白质我们要找的是相应的DNA 序列，点击下图中的Genbank 0找到相应的mRNA join(8737..8858,13841..14137,14506..14599,15038..15124 .....)及CDS join(8856..8858,13841..14137,14506..14599,15038..15124,...) 在下面对应的DNA序列中就可找到起始密码子ATG0为了不遗漏启动子序列选择 ATG 上游3000bp和下游1000bp的序列进行分析，也可以根据自己的情况决定。后面将用UCSC 和DBTSS 查找相应目的基因片段4票投票puddylee edited on 2012-04-19 22:20 举报深圳市艾瑞生物科技有限公司招聘药物合成技术员【原创】使用UCSC查找一个基因的启动子序列（终）【原创】我的启动子分析方法回复：【原创】我的启动子分析方法puddylee1积分7得票13粉丝加关注2012-03-06 14:51消息引用收藏分享分享到哪里？复制网址新浪微博腾讯微博开心网豆瓣社区人人网接下来是UCSC ( / ) 0目的基因的定位，点击Genomes ,输入目的基因后点击submit 0点击Tables,进入下图0点击get output 跳出对话框中点击submit 点击进入结果如下图0对应相应的序列发现，搜索的结果和NCBI给出的是完全一致的1票投票puddylee edited on 2012-03-06 15:29 举报? 【求助】应届科研型硕士报考专业学位博士，2013年哪个学校招收啊puddylee1积分7得票13粉丝加关注2012-03-06 15:15消息引用收藏分享分享到哪里？复制网址新浪微博腾讯微博开心网豆瓣社区人人网对于DBTSS（http://dbtss.hgc.jp/）由于个人情感因素（***小日本），用的不是很多，下面简单介绍结果0结果中给出了TSS 位点，启动子序列中可能含有CPG岛，至此第一步寻找目的基因片段的任务圆满完成。在第二部中将会用到FIRSTEF/ PromoterInspector/ promoter scan/Neural Network Promoter Prediction/softberry等软件对目的基因片段进行启动子分析；用CPGPlot、CPGFinder 对目的基因可能含有的CPG岛进行分析；TFSearch/TESS /SOftberry等对可能含有的转录因子进行分析. 0票投票举报肿瘤医学转录组深度测序分析服务konigalle0积分0得票0粉丝加关注2012-04-02 22:35消息引用收藏分享分享到哪里？复制网址新浪微博腾讯微博开心网豆瓣社区人人网非常好的分析，谢谢！0票投票举报上海复旦大学联合基因健康中心招聘研发员puddylee1积分7得票13粉丝加关注2012-04-19 21:41消息引用收藏分享分享到哪里？复制网址新浪微博腾讯微博开心网豆瓣社区人人网经过本道友的积极探索，又发现了一种寻找启动子的新方法，比上面介绍的更加直接，简单，而且准确率那是相当之高啊，无论你想找什么基因的启动子，这里统统都可以实现。在这里不得不说的是NCBI真是一个介于牛A和牛C之间，特别牛B的网站@ ，下面开始寻找启动子之旅吧：0看过上面文章的道友应该都能打开这步对不！点击Source sequence0记着找对自己的基因信息哦0这个时候你是否顾着浏览基因的信息，而忽略了一些非常重要的东西呢，想当初本道友曾经无数次光顾此界面都没发现其中隐藏的信息，真是欲哭无泪啊！嘿嘿，一定有道友很少能发现下面的东东，这可是寻找启动子很关键的哦点击圈圈里的东东，出来的东西一定