核酸序列的获取与比对-实验课二-20151109-13案例.ppt

* * L81167.1序列 * microRNA-mRNA分析工具 TargetScan（/） RNA22 （ /rna22/ ） Lewis BP, Burge CB, Bartel DP. Conserved Seed Pairing, Often Flanked by Adenosines, Indicates that Thousands of Human Genes are MicroRNA Targets. Cell, 120:15-20 (2005) Miranda, KC et al (2006) A pattern-based method for the identification of MicroRNA binding sites and their corresponding heteroduplexes. Cell, 126, 1203-1217, 10.1016/j.cell.2006.07.031 * * * Thanks for your attention * 主要的BLAST程序 程序名 查询序列 数据库 搜索方法 Blastn 核酸 核酸 核酸序列搜索逐一核酸数据库中的序列 Blastp 蛋白质 蛋白质 蛋白质序列搜索逐一蛋白质数据库中的序列 Blastx 核酸 蛋白质 核酸序列6框翻译成蛋白质序列后和蛋白质数据库中的序列逐一搜索。 Tblastn 蛋白质 核酸 蛋白质序列和核酸数据库中的核酸序列6框翻译后的蛋白质序列逐一比对。 TBlastx 核酸 核酸 核酸序列6框翻译成蛋白质序列，再和核酸数据库中的核酸序列6框翻译成的蛋白质序列逐一进行比对。 * * * * GATGGGATTGGGGTTTTCCCCTCCCATGTGCTCAAGACTGGCGCTAAAAGTTTTGAGCTTCTCAAAAGTC TAGAGCCACCGTCCAGGGAGCAGGTAGCTGCTGGGCTCCGGGGACACTTTGCGTTCGGGCTGGGAGCGTG * 数据库 简述 nr month dbest dbsts htgs yeast E.coli pdb kabat vector mito alu gss 非冗余的GenBank＋EMBL＋DDBJ＋PDB序列，除了EST、STS、GSS和0,1,2阶段的HTGS序列 nr中过去30天的最新序列 非冗余的Genbank＋EMBL＋DDBJ＋PDB的EST部分 非冗余的Genbank＋EMBL＋DDBJ＋PDB的STS部分 0,1,2阶段的高产量基因组序列(3阶段完成的HTG序列在nr库里) 酵母的全基因组序列 大肠杆菌的全基因组序列 由三维结构库来的核酸序列 Kabat的免疫学相关序列库 Genbank的载体子集 线粒体核酸序列 REPBASE中Alu重复序列翻译而来，用来遮蔽查询序列中的重复片段，基因组勘测序列(Genome Survey Sequence) BLAST的核酸数据库 * GATGGGATTGGGGTTTTCCCCTCCCATGTGCTCAAGACTGGCGCTAAAAGTTTTGAGCTTCTCAAAAGTC TAGAGCCACCGTCCAGGGAGCAGGTAGCTGCTGGGCTCCGGGGACACTTTGCGTTCGGGCTGGGAGCGTG * 结果页面 * 结果页面 * 3 序列特征分析 基因序列特征分析主要内容 一、开放阅读框—ORF 二、启动子—promoters 三、 CpG岛— —CpG islands 四、microRNA-mRNA分析  * * * * * * * * * * * * * 1 GenBank * 2 Fasta nucleotide 3 Fasta protein * 启动子预测及分析工具（参考教材） PromoterScan /molbio/proscan/ * * * 启动子原件 * 启动子原件 转录因子结合位点 * * 利用CpGPlot预测分析CpG岛 CpGPlot是预测CpG岛的在线工具，它是由欧洲分子生物学实验室EMBL —— European Molecular Biology Laboratory提供的。 其网址为：http://www.ebi.ac.uk/Tools/seqstats/emboss_cpgplot/ * SPARCL1 promoter sequence * * * * Results * * * … … … … * … … … … * … … … … * CCL21 mRNA 序列 CCL21 mRNA登录号 CCL21 编码蛋白CCL21登录号 * … … … 基因序 列信息 基因相 关信息