常用生物软件(软件及引物设计总结)全解.ppt

1、限制酶分析 推荐软件： DNAssist 1.0 大多软件只对线性序列进行分析，那么cNNNNN……… NNNgaatt环状的序列就找不到EcoR I的位点，DNAssist 1.0能很容易把这个EcoR I位点找出来。 另外DNAssist在输出上非常完美，除了图形、线性显示外，还有类似DNASIS的列表方式，列出所有的位点（按酶排列，按碱基顺序排列） 另外，Vector NTI 亦是一选择 2、引物设计 Oligo 6 （引物评价）* Primer Premier （自动搜索）* Vector NTI Suit （综合分析） Primer Express(实时定量PCR引物和探针设计) Omiga Dnastar Primer3 （在线服务）* 3、同源序列比较 NCBI的BLAST; ExPASy的Alignment GeneDoc 3.2 Clustal X Vector NTI Omiga，Bioxm ，LaserGene，pcgene等 4、质粒作图 Gene Construction Kit WinPlas 2.7 Plasmid Premier2.02 Plasmid Toolkit 5、结构域(motif)查找 推荐软件：Primer Premier 5.0 Primer Premier 5.0的结构域查找功能