(精)数据库简介 北大罗静初课件.ppt

例子：E. coli K-12基因组 以使用Entrez进行查询为例 查询Escherichia coli K12基因组的信息： DNA polymerase II SWISS－PROT 1. 日内瓦大学医学生物化学系和欧洲生物信息学研究所(EBI)合作维护（1986年）； 2. 在EMBL和GenBank数据库上均建立了镜像站点; 3. 数据库包括了从EMBL翻译而来的蛋白质序列，这些序列经过检验和注释； 4. 数据记录包括两部分： 序列 注释(结构域、功能位点、跨膜区域、二硫键位置、翻 译后的修饰、突变体等) 5. 数据存在滞后性 ? TrEMBL数据库的建立 SWISS-PROT的网址： /sprot TrEMBL的网址： http://www.ebi.ac.uk/trembl/index.html PIR(protein information resource) 1. 由美国NCBI翻译自GenBank的DNA序列(1984年)； 2. 在EMBL和GenBank数据库上均建立了镜像站点； 3. 数据依据注释的质量分为4类。 196 未翻译(Unencoded or untranslated) PIR4 7508 未核实(Unverified) PIR3 69368 已注释(Annotated) PIR2 13572 已分类、已注释 (Classified and annotated) PIR1 记录数 (Number of entries) 说明 (Comment) 分类名称 (Name) PIR数据库的分类情况(Release 51.03) PIR网址： / PDB（protein data bank） 1. 目前最主要的蛋白质分子结构数据库； 2. 1970年代建立，美国Brookhaven国家实验室维护管理; 3. 1988年，由美国RCSB(research collaboratory for structural biology)管理； 4. 以文本格式存放数据，包括原子坐标、物种来源、测定方法、提交者信息、一级结构、二级结构等； 5. PDBsum数据库：PDB注释信息综合数据库，具有检索、分析、可视化的功能。（已移至EBI） D) 蛋白质结构数据库 PDB网址：/pdb(美国) PDBsum网址：http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/pdbsum/ SCOP（Structural Classification of Protein） 英国医学研究委员会分子生物学实验室和蛋白质工程中心开发的基于web的蛋白质结构数据库分类、检索和分析系统； SCOP的网址：http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/ CATH(class, architecture, topology, homology) 英国伦敦大学开发维护； CATH的网址：http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/cath E) 蛋白质结构分类数据库 SCOP网址：http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/ CATH网址：http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/cath §3.1.3 二级数据库简介 二级数据库的形式：大多以web界面为基础，具有文字信息、表格、图形、图表等方式显示数据库内容； 一级数据库与二级数据库之间并无明确的界限。 （例如：GDB、AceDB、SCOP、CATH等都已经具有二级数据库的特色） E. coli基因组数据库Colibri 德国Pastear研究所建立。 除具有浏览、检索、搜寻功能外，还对环状基因组实现可视化。 网址：/Colibri/ TransFac (真核生物基因转录调控因子数据库) 德国生物工程研究所开发维护，始建于1988年。 包括顺式调控位点、基因、转录因子、细胞来源、分类和调控位点核苷酸分布6个子库。 TransFac的网址： A) 基因组信息二级数据库 ColiBri网址：/Colibri TransFac网址： Prosite (蛋白质序列功能位点数据库) 始建于1990年代初，由瑞典生物信息学研究所SIB负责维护。 基于对蛋白质家族中