生化—蛋白质-2课件.ppt

1 蛋白质化学 1.2 肽(peptide)（p28） 一、肽和肽链(peptide chain)的结构及命名 蛋白质的基本结构单位：二级结构 蛋白质的三维空间结构 Linus Carl Pauling (1901-1994) 1926年，留学Sommerfeld实验室（1年7个月） 1928年，发明杂化轨道理论， 创立量子化学 1930年，去Laurence Bragg实验室学X-ray衍射 1936年，与Mirsky一起发表蛋白质变性的理论---氢键 1937年，开始搭α-helix的模型，发现5.4A的周期，与 Astbury的Keratin蛋白测定得到的5.1A不符。此后化了约10年的时间测定各种含肽键的小分子的结构，得出肽键的6个原子在同一平面上的结论 1949年，人造丝X-ray数据发表，他看到了5.4A的周期 1950年，α-helix模型发表，次年发表β-sheet模型 1954年，Nobel化学奖 1963年，Nobel和平奖 70年代，提倡Vitamin C治百病 80年代，和Robinson的纠纷 /biography/Pauling.html Many of the possible conformations about an α -carbon between two peptide planes are forbidden because of steric crowding. (c)中Φ＝0°、Ψ＝0°（构象实际上不存在） 1922-2001 Ramachandran Plot 拉氏构象图 (可允许的Φ、Ψ值) 蛋白质二级结构元件 ⑴?－螺旋 ⑵?-折叠 ⑶?-转角 ⑷无规律卷曲 蛋白质的二级结构(Secondary structure)是肽链主链不同肽段通过自身的相互作用、形成氢键，沿某一主轴盘旋折叠而形成的局部空间结构。 氢键（D-H···A）是一种由弱酸性 供体基团(D-H）和一个具独对电子的原子（A）之间形成的静电作用力。(p75) ①定义 多肽链沿长轴方向通过氢键向上盘曲所形成的右手螺旋结构称为α-螺旋。 ⑴ ?－螺旋（p60） ②结构要点 A、肽链以肽键平面为单位，以多肽链中的α碳原子为转折，围绕长轴盘旋，形成右手螺旋；每个?-碳的Φ和Ψ分别在－57 °和－47 °附近。 B、每圈螺旋含有3.6个氨基酸残基，沿螺旋轴方向上升0.54nm，直径约为0.5nm。 C、每个残基绕轴旋转100°，沿轴上升0.15nm。 D、相邻螺圈之间形成链内氢键，氢键的取向几乎与中心轴平行。 E、氢键由每个氨基酸残基的N-H与前面隔3个氨基酸残基的C=O形成；在氢键封闭的环内共包含13个原子，故可描述为3.613α-螺旋。（螺旋结构可用SN表示，S代表每圈螺旋的残基个数，N表示氢键封闭环本身的原子数） F、氨基酸残基的侧链基团伸向外侧 ③影响?螺旋稳定的因素 　 即每一个氨基酸残基中的N-H和前面第四个氨基酸残基的C=O之间都形成氢键，使α-螺旋十分牢固。 α-螺旋稳定的原因------大量的氢键 A、酸性或碱性氨基酸残基集中的区域 带相同电荷的残基过于集中，彼此间因静电排斥而不能形成链内氢键，妨碍?－螺旋的形成。 不利于α-螺旋稳定的因素 B、较大的R基集中的区域 因空间位阻大不利于α-螺旋的形成，如Phe、Trp、Ile等。 D、甘氨酸残基出现的部位，不利于α-螺旋的形成 甘氨酸R基为H,所占空间很小,会影响该处螺旋的稳定；甘氨酸R基为H，在形成三级结构时不能与其它侧链基团形成次级键，所以不利于α-螺旋的稳定。 C、脯氨酸残基出现的部位, α螺旋即被中断，并产生一个“结节” 脯氨酸α-碳原子组成五员环，结构不易扭转；脯氨酸是亚氨基酸，N上没有供形成氢键的氢。 ④ α-螺旋的意义 ?α-螺旋是球状蛋白质构象中最为常见的螺旋盘曲形式 ? α-螺旋可使肽链的长度大为缩短，即延伸性较大 ? α-螺旋并不是蛋白质构象中唯一的螺旋结构 （310螺旋；左手螺旋；4.416螺旋） 例：纤维蛋白（p65） ⑵?-折叠（p62） ①定义 两段以上折叠成锯齿状的多肽链通过氢键相连而并行成较伸层的片状结构。 ②结构要点 ?多肽链中的肽键平面之间折叠成锯齿状。 ?β-折叠是依靠不同肽链之间或同一条肽链不同肽段之间肽键的N-H与C=O形成氢键而得以稳定，氢键与链互相垂直。 ?侧链基团较小,它们交替地伸向片层的上方和下方。 ③类别 所有肽链的N-端在同一方向； Φ＝-119°、Ψ＝+113° (图） A、平行式 B、反平行式 N-端一顺一反地交替排列； Φ＝-139°、Ψ＝+135° （更为稳定） (图） 蛋白质化学 * 1.1