HYPCHEM操作..docVIP

画原子1. 打开Element Table对话框。这里有两种方法：? 在Build菜单中选择Default Element，或者双击Drawing工具。Default? ?Element对话框允许从周期表中选择缺省元素。2. 如果单击Properties...按钮，将显示当前选择元素的物理属性。也可以? ?按下Shift键同时单击元素按钮，结果是一样的。单击OK键，物理属性框? ?消失。3. 如果Allow Ions或者Explicit Hydrogens打开（用对勾选择），左键单击? ?这些选项使其关闭。4. 在缺省元素列表中选择Carbon，接着关闭元素对话框。缺省元素将设置? ?为碳。当然也可以把打开的Default Element对话框移走，这样可以看到? ?HyperChem工作区。当画原子非常多的分子时，这是非常有效的。5. 左键单击Drawing工具，把指针移到工作区。6. 左键单击工作区左下角，将出现一个小圈，代表未成键的碳原子。7. 在工作区不同位置画更多的原子。画价键1. 把指针移到刚才画的第一个碳上。2. 按下鼠标左键。这是价键在第一个原子的位置。3. 保持鼠标按钮按下的同时拖向工作区的顶端。4. 放开鼠标按钮。这是价键在第二个原子的位置。一条线代表两个碳? ?原子之间的价键。5. 用仍旧停留在价键末端的指针, 用左键拖向工作区右下角。6. 放开鼠标按钮。这是第三个原子的位置。7. 在空白工作区画六个价键，形成一个环。现在你清楚了如何画原子和分子，并且学会了一些基本技巧。选择原子在这个练习中，通过选择原子，你可以学到基本的选择技巧。首先必须设置选择的级别［原子（atoms），基（residues），或分子（molecules）］。这里设置为原子（atoms）。1. 左键单击Select菜单。2. 左键单击选择Atoms。接下来，关闭Multiple Selections：1. 左键单击Select菜单。2. 如果Multiple Selections打开，左键单击来关闭它。这样当你重新选择一个原子或者一组原子的时候，前面的选择将会取消。选择原子：1. 左键单击Selection工具，把指针移到工作区。2. 左键单击前面创建的原子。这将激活这个原子。可以在Preferences对话? ?框中设置激活的样式。Preferences在File菜单中。3. 左键单击前面创建的价键中部，这个价键就会激活，价键两端的原子就会? ?被选择。4. 右键单击工作区的空白处，撤销对所有的原子和价键的选择。选择一组原子1. 在Select菜单，确保Select Sphere没有打开。2. 在工作区左上方挑选一个点。3. 同时按下鼠标左右键拖向工作区右下角。HyperChem显示一个代表选择区? ?域的矩形。4. 继续拖左右键，直到想要的原子被包括在矩形里。5. 释放鼠标按钮。选择区域所有原子就会被激活。选择第二组原子：1. 在Select菜单选择Multiple Selections。打开Multiple Selections? ?后，在当前的选择中将添加新的选择。2. 像选择第一组原子一样，左右键同时拖。3. 释放鼠标按钮，第二组原子被激活。如果选择工作区中所有的原子，在选择模式中左键单击工作区的空白区域。撤销对原子的选择：1. 右键单击未成键原子。这个原子不再激活。2. 右键单击选择的价键中部。价键两端的原子不再激活。3. 右键单击工作区的空白区域，撤销对所有原子的选择。画二维草图1. 双击Drawing工具，打开Element Table对话框。2. 打开Allow ions，关闭Explicit Hydrogens。如果关闭Explicit? ?Hydrogens，在画分子的时候，不自动添加氢。3. 选择碳，接着关闭对话框。碳设置为缺省元素。4. 接着按下面操作。标记原子1. 在Display菜单选择Labels。2. 在Atoms选项框，选择Symbol。靠近Symbol的单选按钮会被填充。3. 左键单击OK。Labels对话框消失，所有的原子将标注元素符号。删除原子：1. 左键单击Drawing工具进入绘图模式。2. 右键单击想要删除的原子，或者想要删除的价键中部。原子和价键就? ?会消失。删除多个原子或价键：1. 左键单击Selection工具进入选择模式。2. 用左右键在工作区拖出选择的目标。3. 在Edit菜单选择Clear。4. 在提示框中选择Yes。原子类型（Atom Types）在分子动力学计算中，分子中每一个原子都有原子类型。原子类型代表具有相似化