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MEGA建树图解.
转】图文讲解MEGA4.1建进化树步骤??
2011-08-16 14:30:45|??分类：?系统进化树|举报|字号?订阅
本文详细出处参考：/603/
MEGA 的全称是Molecular Evolutionary Genetics Analysis 分子进化遗传分析。 MEGA 可用于序列比对、进化树的推断、估计分子进化速度、验证进化假说等。MEGA 还可以通过网络（NCBI）进行序列的比对和数据的搜索。
打开软件：
选择Alignment ---- Alignment Explorer/CLUSTAL，出现一个对话框：
?
根据提示内容，进行选择，在此我选择第一个“Create a new alignment”，出现：
?
根据自己的序列是核酸还是氨基酸序列进行选择，在此我选择“Yes”，出现：
Date --- Open --- Retrieve Sequences from File ，选择已在Clustal X中已对齐的格式文件[CLUSTAL文件(.aln)]，如下图：
?
选择之后，得到：
?
双击文件名可以进行修改 (某些Clustal X版本无法识别原FASTA文件名的，在这里就可以修改了，就像我用汉化版的Clustal X 1.81不可以识别某些序列文件名) ，修改后如下：
?
右键菜单点击删除Clustal X中附带的“”号行，修改文件名后可以保存“当前比对结果”，以便下次再用。然后再补充一下，此软件整合了Clustal X程序，菜单Alignment中选择“Align by ClustalX”即可。选择所要比对的序列，单击后出现下面这个对话框：
?
选择默认设置，点击OK就进行比对了。此后会出现一个过渡对话框，显示的是两两比对和多序列比对的过程：
?
等待其运行完成后，可以保存，也可以直接删除，出现对话框：
?
选择Yes，出现：
?
输入一个名称,如SIV-N2，接下来几步类似,保存后点YES出现：
?
当这个序列数据界面出来后，注意软件的主界面发生了一定的变化，多出了几个功能菜单：
?
选择主界面中的Phylogeny菜单，Bootstrap Test of Phylogeny --- Neighbor-joining…
?
?
?
?
Bootstrap选择1000次重复，模型选择核酸---p-distance。Compute后，得出系统结构树，如下：
?
替换成辐射图：
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