蛋白质的二级结构综述.ppt

结构域 图b所示的16种可能模体从未出现过。即使这一数据库与自然界存在的蛋白质数目相比是有限的，然而以上调研也足以证明，少数几种拓扑排列的存在频率远超过其他的排列，而大多数可能的复杂模体根本不存在，或者仅出现在有限的一些事例中。1995年，对更大的已知结构数据库进行了初步调研，也得出了相同的基本结论。 蛋白质结构可以分为三种主要的类型 在简单考虑被连接模体的基础上，MRc分子生物学实验室的Michael Levitt和Cyrus Chothia提出了蛋白质结构的分类方法，并把域结构(domain structures)分为三个主要的类型： 1、α结构域 2、β结构域 3、α/β结构域 蛋白质结构可以分为三种主要的类型 1、α结构域：核心全由α螺旋构成 蛋白质结构可以分为三种主要的类型 2、β结构域：核心包含了反平行β片层，通常是两组β片层彼此相向排列 蛋白质结构可以分为三种主要的类型 3、α/β结构域：由若干β-α-β模体组合而成。这些模体形成占优势的平行β片层，被α螺旋所包围。 五股折叠链，黄素氧还蛋白中的平行β片层 丙糖磷酸异构酶的立体结构图 蛋白质结构可以分为三种主要的类型 4、α+β结构域：有些蛋白质是由分离的α模体和β模体的组合构成，通常在结构域的一部分中形成一个小的反平行β片层，与之相对的是许多α螺旋。这些结构可以认为是属于较小的第四个类型 金黄色葡萄球菌的核酸酶 蛋白质结构可以分为三种主要的类型 5、其他：除了这些类型外，还有许多小的蛋白质，它们或是富含二硫键，或是含有较多的金属，为此它们形成了一些特殊的类型。金属或二硫键的存在，似乎对以上蛋白质的结构有强烈影响，看上去往往像是较规则蛋白质的畸变形式。 蛋白质结构可以分为三种主要的类型 在本书中，已知蛋白质结构的结构域按Levvitt和Chothia的体系分类。以上三种主要的类型-α、β和α／β，将在第3、4、5章作更详细的分析。 Cyrus Chothia研究组已经构建了一个数据库，其中对所有现存的蛋白质结构都按上述结构层次排列。在每一类型中，各结构按三级结构被归入超家族；在超家族中，各结构按功能和序列的同源性被归入各个家族。此数据库可在互联网上免费使用。 总结(summary) 1、蛋白质分子内部主要包含了疏水侧链。内部的主链排列为二级结构，以便通过氢键来中和它们的极性原子。有两种主要的二级结构类型：α螺旋和β片层。β片层可以有平行的、反平行的和混合方式的折叠链。 The interiors of protein molecules contain mainly hydrophobic side chains. The main chain in the interior is arranged in secondary structures to neutralize its polar atoms through hydrogen bonds. There are two main types of secondary structure, αhelices and β sheets. Beta sheets can have their strands parallel, antiparallel, or mixed. 2、 蛋白质结构由二级结构元件α螺旋和β折叠链的组合所构成，它们形成核心区，即分子的内部，而且由处于表面的环区来连接。 Protein structures are built up by combinations of secondary structural elements, α helices, and β strands. These form the core regions—the interior of the molecule—and they are connected by loop regions at the surface. 总结(summary) 3、突出二级结构元件的立体结构图和简单拓扑图不仅有用，而且经常被使用。在氨基酸序列中，相邻的α螺旋和β折叠链在三维结构中也往往是邻近的。 Schematic and simple topological diagrams where these secondary structure elements are highlighted are very useful and are frequently used. αhelices or β strands that are adj