基因组的分子进化与群体遗传学..docVIP

基因组的分子进化与群体遗传学 本文首先从两个方面介绍基因组的分子进化：第一是基因组的图景，集中于塑造在各种各样的基因组特征中观察到的模式的进化过程，例如非编码DNA进化、基因的突变速率和重组速率、密码子选择和基因密度；第二是功能序列进化的概览。最后展望了群体遗传学的发展和应用前景。 1 非编码DNA的进化 大部分真核基因组是非编码的，如果有区别的话，研究这种基因做什么应该引起可观的兴趣。物种之间或内部的进化对比为最简单的假设提供强有力的检验：非编码DNA正在随机地突变且受单独漂移的支配。Ludwig提供了这个领域的清晰概览[]，并安排非编码序列面临大量的进化约束的证据，这种约束对过去观察到的变化产生影响。 功能非编码DNA(ncDNA)由顺式作用元件如增强子、核心启动子、基体或脚手架附着区、绝缘子和沉默子组成。真核DNA包裹在核小体和其它结构蛋白组件周围，且被调控蛋白高度修饰。ncDNA调节核蛋白相互作用，为结合蛋白的物理定位和其它结合动力学充当一种模板。 非编码区域的种间特异性的序列对比揭示了保守特征，它们中的许多可能是顺式作用元件。尽管选择约束的明显暗示，顺式元件的结构和序列随时间而变化，有时甚至在表达模式保守的情况下，更是戏剧性地如此。因此，基因表达的功能性保守在保证相关顺式调控因子的进化保护上是不充分的。 一些研究表明，在染色质组织和转录调控相关的调控序列比蛋白编码序列