I优化小结.docVIP

优化第一步： 确定分子构型，可以根据对分子的了解通过GVIEW和CHEM3D等软件来构建，但更多是通过实验数据来构建（如根据晶体软件获得高斯直角坐标输入文件，软件可在大话西游上下载，用GVIEW可生成Z-矩阵高斯输入文件），需要注意的是分子的原子的序号是由输入原子的顺序或构建原子的顺序决定来实现的，所以为实现对称性输入，一定要保证第一个输入的原子是对称中心，这样可以提高运算速度。我算的分子比较大，一直未曾尝试过，希望作过这方面工作的朋友能补全它。以下是从本论坛，大话西游及宏剑公司上下载的帖子。 将键长相近的，如??B12 ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.08589 ? ? ? ? ? ? ? ? ??B13 ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.08581 ? ? ? ? ? ? ? ? ??B14 ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.08544 ?键角相近的，如 ? A6 ? ? ? ? ? ? ? ? ?119.66589 ? ? ? ? ? ? ? ? ??A7 ? ? ? ? ? ? ? ? ?120.46585 ? ? ? ? ? ? ? ? ??A8 ? ? ? ? ? ? ? ? ?119.36016 ? ? ? ? ? ? ? ? ??二面角相近的 如D10 ? ? ? ? ? ? ? ?-179.82816 ? ? ? ? ? ? ? ? ??D11 ? ? ? ? ? ? ? ?-179.71092 ? ? ? ? ? ? ? ? ?都改为一致，听说这样可以减少变量，提高计算效率，是吗？ 在第一步和在以后取某些键长键角相等，感觉是一样的。只是在第一步就设为相等，除非有实验上的证据，不然就是纯粹的凭经验了。在前面计算的基础上，如果你比较信赖前面的计算，那么设为相等，倒还有些依据。但是，设为相等，总是冒些风险的。对于没有对称性的体系，应该是没有绝对的相等的。或许可以这么试试： 先PM3，再B3LYP/6-31G.（其中的某些键长键角设为相等），再B3LYP/6-31G（放开人为设定的那些键长键角相等的约束）。  比如键长，键角，还有是否成键的问题，Gview看起来就是不精确，不过基本上没问题，要是限制它们也许就有很大的问题，能量上一般会有差异，有时还比较大 如果要减少优化参数，不是仅仅将相似的参数改为一致，而是要根据对称性，采用相同 的参数。例如对苯分子分子指定部分如下： ?C ?C??????????????????1??????????????B1 ?C??????????????????2??????????????B2????1??????????????A1 ?C??????????????????3??????????????B3????2??????????????A2????1??????????????D1 ?C??????????????????4??????????????B4????3??????????????A3????2??????????????D2 ?C??????????????????1??????????????B5????2??????????????A4????3??????????????D3 ?H??????????????????1??????????????B6????2??????????????A5????3??????????????D4 ?H??????????????????2??????????????B7????1??????????????A6????6??????????????D5 ?H??????????????????3??????????????B8????2??????????????A7????1??????????????D6 ?H??????????????????4??????????????B9????3??????????????A8????2??????????????D7 ?H??????????????????5?????????????B10????4??????????????A9????3??????????????D8 ?H??????????????????6?????????????B11????1?????????????A10????2??????????????D9 ???B1?????????????1.395160 ???B2?????????????1.394712 ???B3?????????????1.395427 ???B4?????????????1.3948