实验六序列相似性的比对和搜索..docVIP

实验六 序列相似性的比对和搜索 一、实验目的 1．能够熟练使用NCBI网站的BLAST系列工具，通过NCBI中的BLAST功能，对所提供的基因组序列或蛋白质序列进行相似性比对，找到在GenBank中与之相似的序列，推测所比对序列的功能。 2．能够熟练掌握用Clustalx软件进行双序列和多序列比对。 3．学会使用EMBL上的Clustalw工具进行比对。 二、实验内容及操作步骤 （一）BLAST的使用 1．Blastn：进入NCBI主页下载关于AY125911、AF513548、AF525146、AF492473、AY497910、AY497911等核酸序列或其它你感兴趣的核酸序列（Fasta格式）。 进入/BLAST/； 选择Nucleotide→Nucleotide-nucleotide BLAST (blastn)进行核酸相似性数据库搜索； 在search对话框中粘贴入下载的相关核酸序列 (Fasta格式)； 调整各参数值，直到获得最佳比对； 点击进行比对； 点击Format!对结果进行格式化，可在下面的选项中自行设计结果的显示方式； 查看比对结果，看在数据库中找到的序列与你的序列是否相似或相同。 2．Blastp：进入NCBI主页下载某一蛋白质序列(Fasta格式)，如cytochrome oxidase, peroxidase, SOD (Superoxide Dimutase)。 选择Protein→Protein-protein BLAST (blastp)进行蛋白质相似性数据库搜索； 在search对话框中粘贴入下载的蛋白质序列(Fasta格式)； 调整各参数值，直到获得最佳比对； 点击进行比对； 点击Format!对结果进行格式化，可自行设计结果的显示方式； 查看比对结果，看在数据库中找到的序列与你的序列是否相似或相同。 3．Bl2seq：进入NCBI主页下载某两条核酸或蛋白质序列(Fasta格式) 进入/BLAST/； 点击Special目录下的Align two sequences (bl2seq)； 将两条序列分别输入Sequence 1和Sequence 1区域； 点Align进行比对； 根据结果查看bl2seq是否允许插入空位。 4．EMBL-BLAST 进入http://www.ebi.ac.uk/； 点击ToolBox下的Blast2 - NCBI； 自行练习EMBL-BLAST，并比较与NCBI上的BLAST有何区别。 （二）Clustalx软件和在线Clustalw的使用 1．使用Clustalx软件进行双序列比对： 在NCBI中，搜索H5N1或任何你感兴趣的核酸或蛋白序列，选中两条序列，并一起存为FASTA文件，文件名为newname.fasta, 文件内容例如： xxxx ATTTCGGGTGCTCGATGCTAGG xxxxx ATATTATCATAGAGGGATACCCCCTGGGG 点击软件的File→Load Sequences，加载保存的fasta文件； 点击Alignment→Do Alignment，进行默认参数的双序列比对； 将比对后的文件存到指定的目录，并用记事本打开并查看你保存的文件； 点击Alignment→Alignment Parameters→Pairwise Alignment Parameters，设置各个参数，再进行第3步看结果有何不同； 点击Alignment→Output Format Options，将存储的文件格式进行修改（默认为xxx.aln），执行3、4步骤，看不同文件格式的文件内容有何不同。 2．使用EMBL的Clustalw工具进行多序列比对： 在NCBI中下载三条或三条以上核酸或蛋白质序列（Fasta格式）。 进入EMBL主页：http://www.ebi.ac.uk/； 点击Services, 点击ToolBox→Sequence Analysis→ClustalW； 在对话框中输入下载的核酸或蛋白序列，点击Run进行默认参数的比对； 点击查看Results of search下的内容； 进入3步骤所在页面，修改Clustalw中的各参数并重复4步骤，看比对结果有何不同； 进入3步骤所在页面，在输入你的E-mail，并在选择E-mail，查看邮箱中的结果。 三、作业 1．请在NCBI中查找你感兴趣的某一个基因或蛋白，通过BLAST工具检索与其高度相似序列，并将你查的这一基因或蛋白以及你检索到的与其最相似的序列列出来（包含序列格式），简单说明查询序列与检索出来的序列有何功能上的差异。 7