新基因次跨膜表位抗原在肥胖患儿脂肪组织的表达及生物信息学分析..docVIP

新基因6次跨膜表位抗原4在肥胖患儿脂肪组织的表达及生物信息学分析 高春林　 刘光陵　 夏正坤　 邱洁　 高远赋　 樊忠民　 伏洁　 任献国　 徐敏　 郭锡熔　 摘　要：目的 肥胖呈现全球流行趋势.目前,已基本证实其为一种多基因遗传病,先前研究小组筛选获得肥胖相关的新基因6次跨膜表位抗原(six-transmembrane epithelial antigen of the prostate 4,STEAP4)在肥胖患儿脂肪组织中差异表达,旨在进一步验证其在肥胖儿童脂肪组织中的表达,并初步探讨STEAP4的生物信息学特征.方法 采用实时荧光定量PCR(Realtime-qPCR)技术验证肥胖与健康儿童脂肪组织中STEAP4基因的表达差异,应用DNA Star、Blast、ProtParam、SOPMA、TargetP、TMHMM、ProtScale、Interpro Scan 和SMART等软件或数据库分析STEAP4的核苷酸基本特征、蛋白质理化性质、信号肽、跨膜结构域、疏水性/亲水性、结构域及亚细胞定位等.结果 STEAP4基因是一个功能未知的基因,低表达于肥胖患儿脂肪组织中,生物信息学分析该基因cDNA全长4454bp,开放阅读框(open reading frame,ORF)长1380bp,编码459个氨基酸,预测相对分子质量51981.2,定位在胞膜,蛋白序列分析显示为6次跨膜螺旋结构,为可溶的亲水性蛋白,蛋白结构域分析显示具有黄素蛋白跨膜成分(三铁还原酶结构域),NAD(P)结合结构域,NADP氧化还原酶(依赖辅酶F420)和血红素蛋白保守位点.结论 STEAP4基因是一低表达于肥胖患儿脂肪组织中的基因,高度提示该蛋白与肥胖及其相关的胰岛素抵抗的发生存在相关性,值得进一步研究证实.关键词：肥胖症;STEAP;基因表达;计算生物学分类号：Q786　文献标识码：A文章编号：1008-8199(2011)02-0117-05 A novel gene six-transmembrane epithelial antigen of the prostate 4: Expression in the adipose tissue of obese children and bioinformatic analysis GAO Chun-lin　 LIU Guang-ling　 XIA Zheng-kun　 QIU Jie　 GAO yuan-fu　 FAN Zhong-min　 FU Jie　 REN Xian-guo　 XU Min　 GUO Xi-rong　 基金项目：国家自然科学基金;江苏省医学领军人才培养经费(LJ200624)作者单位：高春林（210002,南京,南京军区南京总医院儿科;210008,南京,南京医科大学附属南京儿童医院普外科）　　　　　　刘光陵（210002,南京,南京军区南京总医院儿科）　　　　　　夏正坤（210002,南京,南京军区南京总医院儿科）　　　　　　邱洁（210008,南京,南京医科大学附属南京儿童医院普外科）　　　　　　高远赋（210002,南京,南京军区南京总医院儿科）　　　　　　樊忠民（210002,南京,南京军区南京总医院儿科）　　　　　　伏洁（210002,南京,南京军区南京总医院儿科）　　　　　　任献国（210002,南京,南京军区南京总医院儿科）　　　　　　徐敏（210002,南京,南京军区南京总医院儿科）　　　　　　郭锡熔（210004,南京,南京医科大学附属南京妇幼保健院）　 参考文献： [1]Hellstrom L,Reynisdottir S.Influence of heredity for obesity on adipocyte lipolysis in lean and obese subjects[J].Int J Obes Relat Metab Disord,2000,24(3):340-344.[2]Millon-Fremillon A,Bouvard D,GrichineA,et al.Cell adaptive response to extracellularmatrix density is controlled by ICAP-1-dependent beta 1-integrin affinity[J].J Cell Biol,2008,180 (2):427-441.[3]陈小慧,赵亚萍,高春林,等.STEAP4基因在人前体脂肪细胞诱导分化过程中的表达[J].实用儿科临床杂志,2010,25(7):473-475.[4]JoyceMB,de Chalain TM.Treatme