手把手教你构建系统进化树分解.pptVIP

以.meg格式保存结果 回到MEGA主窗口 打开所保存的文件（.meg） 点击按钮打开文件窗口 * * * * * * * * * * * * * 邻接法(neighbor-joiningmethod，NJ)由Saitou和Nei(1987)提出，NJ法是基于最小进化原理经常被使用的一种算法，它不检验所有可能的拓扑结构，能同时给出拓扑结构和分支长度。在重建系统发生树时，它取消了UPGMA法所做的假定，认为在进化分支上，发生趋异的次数可以不同。最近的计算机模拟已表明它是最有效的基于距离数据重建系统树的方法之一。该方法通过确定距离最近(或相邻)的成对分类单位来使系统树的总距离达到最小。它的特点是重建的树相对准确，假设少，计算速度快，只得一棵树。其缺点主要表现在将序列上的所有位点等同对待，且所分析序列的进化距离不能太大。故NJ法适用于进化距离不大，信息位点少的短序列。邻接法在距离建树中经常会用到，而不用理会使用什么样的优化标准。完全解析出的进化树是通过对完全没有解析出的“星型”进化树进行“分解”得到的，分解的步骤是连续不断地在最接近(实际上是最孤立的)的序列对中插入树枝，而保留进化树的终端。于是，最接近的序列对被巩固了，而“星型”进化树被改善了，这个过程将不断重复。这个方法相对而言很快，也就是说，对于一个50个序列的进化树，只需要若干秒甚至更少。 * * * 如何构建系统进化树 YZU.TRY 系统发生树（英文：Phylogenetic tree）又称为演化树（evolutionary tree），是表明被认为具有共同祖先的各物种间演化关系的树。是一种亲缘分支分类方法（cladogram）。在树中，每个节点代表其各分支的最近共同祖先，而节点间的线段长度对应演化距离（如估计的演化时间）。 MEGA是一个关于序列分析以及比较统计的软件。现主要介绍使用Mega 6.0构建系统进化树的方法。供大家参考。 用MEGA构建进化树有以下步骤： 1、测序： 将克隆扩增测序得到的基因进行测序。 2、NCBI上做Blast /blast/Blast.cgi 比对找到相似度最高的几个基因，将这几个基因的序列（Fasta格式文件）下载下来，或点击GenBank登录号，复制FSATA格式，整合在一个*.txt文档中。 3、比对序列，比对结果转化为*.meg格式 用Mega 6.0的ClustalW做多序列联配，比对结果用*.meg格式保存。或者用Clustal X软件进行比对，比对结果保存为*.aln,再用Mega 6.0转化为*.meg格式。 4、构建系统进化树 打开保存的*.meg格式文件，选择邻接法构建系统发育进化树。 以外米缀蛾的cds为例，点击cds，出现下图。 点击FASTA，出现下图。 该图为外米缀蛾的FASTA格式，如何保存见下图 一般情况下点击该页的右上角有send 图标，选择后点击create file 即可下载。Txt可以打开。 该图显示的是序列全长的FASTA格式下载。 因为我采取基于氨基酸序列比对，所以选择coding sequences和fasta protein，下载编码区氨基酸序列。 文件名未下载时不要更改，下下来之后再更改 MEGA6可以识别fasta格式文件。如图，将全部-基因.txt重命名为全部-基因.fasta 选择打开方式为MEGA6，打开全部-基因.fasta，自动跳出序列窗口 用ClustalW做多序列联配 * * * * * * * * * * * * * 邻接法(neighbor-joiningmethod，NJ)由Saitou和Nei(1987)提出，NJ法是基于最小进化原理经常被使用的一种算法，它不检验所有可能的拓扑结构，能同时给出拓扑结构和分支长度。在重建系统发生树时，它取消了UPGMA法所做的假定，认为在进化分支上，发生趋异的次数可以不同。最近的计算机模拟已表明它是最有效的基于距离数据重建系统树的方法之一。该方法通过确定距离最近(或相邻)的成对分类单位来使系统树的总距离达到最小。它的特点是重建的树相对准确，假设少，计算速度快，只得一棵树。其缺点主要表现在将序列上的所有位点等同对待，且所分析序列的进化距离不能太大。故NJ法适用于进化距离不大，信息位点少的短序列。邻接法在距离建树中经常会用到，而不用理会使用什么样的优化标准。完全解析出的进化树是通过对完全没有解析出的“星型”进化树进行“分解”得到的，分解的步骤是连续不断地在最接近(实际上是最孤立的)的序列对中插入树枝，而保留进化树的终端。于是，最接近的序列对被巩固了，而“星型”进化树被改善了，这个过程将不断重复。这个方法相对而言很快，也就是说，对于一个50个序列的进化树，只需要若干秒甚至更少。