生物信息學实验23.docVIP

实验二 在NCBI上进行Blast比对、查询 实验目的：熟悉序列比对的数学基础，掌握在NCBI网页上进行BLAST比对、查询技能。 设备、软件： 装有WinXP、Win2k或Win7操作系统的计算机，同时要求装有两个网页浏览器（IE8、360极速浏览器）。 实验内容： 在应用方面，BLAST分为三个方向，BLAST Assemble Genomes（在指定的基因组里鉴定同源基因，从而在基因组上实现定位），Basic BLAST（常规BLAST，即在数据库里搜索亲缘性的序列）和Specialized BLAST（对DNA、蛋白质的序列进行特殊BLAST，以期获得特殊的结构域、引物、抗体、SNP、表达谱、转录谱等），在这三组BLAST中，最常用的是Basic BLAST，它也是实现咨询序列与数据库中所有序列比较的BLAST。 通过简单的BLAST练习两条短序列的比对，熟悉两条字符串比对的原理；通过提交序列在数据库中进行BLAST在线比对，掌握在NCBI网页上进行BLAST比对、查询功能。 实验步骤： 一、两条序列的比对 1、先将如下两条序列进行FASTA格式处理 CTGTGCGGATTCTTGTGGCTTTGGCCCTATCTTTTCTATGTCCAAGCTGTGCCCATCCAA和CTGTGCGGATTCTTGTGGCTTTGGCCCTATCTTTTCTATGTCCAAGCTGTGCCCATCCAA AA 处理后为： 123 CTGTGCGGATTCTTGTGGCTTTGGCCCTATCTTTTCTATGTCCAAGCTGTGCCCATCCAA 456 CTGTGCGGATTCTTGTGGCTTTGGCCCTATCTTTTCTATGTCCAAGCTGTGCCCATCCAA AA 2、打开IE，进入/，后打开BLAST链接（在主页的右上角的popular resources区域的第一个即是），或直接进入BLAST页面（/ ）。 3、在“Basic BLAST”中选择“nucleotide BLAST”功能，进入。 4、在新页面中，选中“Align two or more sequences”。 5、分别将上述FASTA格式化后的两条序列分别置入两个框内，点击“BLAST”按钮，进行比对运算。 6、了解各项比对结果的含义，体会其比对原理。 7、自己尝试任意两条序列的比对过程。 二、将感兴趣的序列与数据库中的序列进行BLAST，步骤： 1）兴趣的序列粘贴到BLAST的输入框中。2）选择一个BLAST程序（blastp, blastn, blastx, tblastx, tblastn）。 3）选择一个用于搜索的数据库。 4）为搜索和输出格式选择可选参数。这些选项包括选择替换矩阵，过滤复杂度低的序列，以及将搜索范围限制在某些特定的物种中。详见BLAST使用说明。 2． 将FASTA格式的序列粘贴到框内，如： 123 CTGTGCGGATTCTTGTGGCTTTGGCCCTATCTTTTCTATGTCCAAGCTGTGCCCATCCAA 之后，在“Choose Search Set”部分，选择要比对的数据库，一般是选择“others”，如果已知是人或者鼠的序列，则可以在前二者中选其一。 之后，在“Program Selection”中选择一种BLAST程序，在BLASTn中提供了三种精度的BLAST程序，分别是高相似度的BLAST（megablast）、中相似度的BLAST（discontiguous megablast）和低相似度的BLAST（BLASTn），一般默认是megablast。 最后按下“BLAST”按钮，运行BLAST程序。 3．运行一段时间后，将显示出BLAST结果。先看“Graphic Summary”（简图）。最上面的粗红线表示提交的待搜索序列（Query），在该线上有一个刻度，刻度下的数字表示序列长度。该线上面不同颜色的彩色键（color key）代表相似度的大小，大于200分的是以红色显示，通常如果下面出现了红线，就可以判断所提交的序列在数据库中检索到了与其具有较高相似度的片段。注意在本实验中，下面共有多少条红线、粉红线、绿线、蓝线和黑线。 4．在“Descriptions”部分，给出了上图显示序列的具体描述，两图之间是一一对应的。和上图一样，分值（Score）越大（表明同源性越高）的序列越往前。此外，E值（E-value）也很重要，E值表示由于随机性造成获得这一联配结果可能次数。E值越接近于0，发生这一事件的可能性越小，即这一事件不是随机的。如某序列的E值为4e-163（4×10-163），那么，这条数据库中