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系統发育树构建与分析
实习报告3：系统发育树构建与分析
——Phylip方法，MEGA方法，MrBayes方法
学号 20090**** 姓名 ****** 专业年级 生命生技******
实验时间 2012.6.15 时间 2012.6.17
实验目的：
学会使用Phylip，MEGA和MrBayes构建进化树；
学会分析建树结果，体会各种方法差异
实验内容：
1. 利用系统发育分析软件PHYLIP、MEGA、MrBayes分别对同源核酸序列和同源蛋白质序列构建系统发育树，分析比较建树结果。
2. 完成作业。
作业：
1. 利用实习1搜索到的五个以上物种的直系同源核酸和蛋白质序列（给出fasta格式第一行信息）,用Phylip软件，分别选择最大简约法，最大似然法和距离法（NJ, UPGMA, FM）构建进化树，要求bootstrap产生500个伪样本，分析核酸和蛋白质序列采用不同建树方法得到的进化树是否存在差异，试分析原因。
答：
直系同源核酸序列（calcium binding protein）：
Homo_sapiens gi|315221156|ref|NM_002964.4| Homo sapiens S100 calcium binding protein A8 (S100A8), mRNA
Pan_troglodytes gi|114559691|ref|XM_001137986.1| PREDICTED: Pan troglodytes S100 calcium binding protein A8, transcript variant 3 (S100A8), mRNA
Macaca_mulatta gi|388453998|ref|NM_001266907.1| Macaca mulatta S100 calcium binding protein A8 (S100A8), mRNA
Canis_lupus_familiarisgi|225784824|ref|NM_001146144.1| Canis lupus familiaris S100 calcium binding protein A8 (S100A8), mRNA
Mus_musculus gi|113930764|ref|NM_013650.2| Mus musculus S100 calcium binding protein A8 (calgranulin A) (S100a8), mRNA
attus_norvegicus gi|281485599|ref|NM_053822.2| Rattus norvegicus S100 calcium binding protein A8 (S100a8), mRNA
直系同源蛋白质序列（calcium binding protein）：
Homo_sapiens giref|NP_002955.2| protein S100-A8 [Homo sapiens]
Pan_troglodytes gi|114559692|ref|XP_001137986.1| PREDICTED: protein S100-A8 isoform 3 [Pan troglodytes]
Macaca_mulatta gi|109016347|ref|XP_001110530.1| PREDICTED: protein S100-A8 isoform 3 [Macaca mulatta]
Canis_lupus_familiaris gi|225784825|ref|NP_001139616.1| protein S100-A8 [Canis lupus familiaris]
Bos_taurus gi|165973998|ref|NP_001107197.1| protein S100-A8 [Bos taurus]
Mus_musculus gi|7305453|ref|NP_038678.1| protein S100-A8 [Mus musculus]
Rattus_norvegicus giref|NP_446274.1| S100 calcium binding protein A8 [Rattus norvegicus]
（1）最大简约法同源核酸序列建树结果如图所示：
由系统发育树可以看出，Homo sapiens，Pan?troglodytes的具有较近的亲缘关系，Pan?troglodytes与Macaca?mulatta的亲缘关系较远，Canis?lupus?familiaris和Bos?taurus
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