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gaussian教程 节译自Exploring Chemistry with Electronic Structure Methos, Second Edition,作者James B. Foresman, Eleen Frisch 出版社Gaussian, Inc, USA, 1996 前言 Gaussian可以做很多事情,具体包括 分子能量和结构研究 过渡态的能量和结构研究 化学键以及反应的能量 分子轨道 偶极矩和多极矩 原子电荷和电势 振动频率 红外和拉曼光谱 核磁 极化率和超极化率 热力学性质 反应途径 计算可以模拟在气相和溶液中的体系,模拟基态和激发态.Gaussian是研究诸如 取代效应,反应机理,势能面和激发态能量的有力工具. 全书结构 序言 运行Gaussian 第一部分 基本概念和技术 第一章 计算模型 第二章 单点能计算 第三章 几何优化 第四章 频率分析 第二部分 计算化学方法 第五章 基族的影响 第六章 理论方法的选择 第七章 高精度计算 第三部分 应用 第八章 研究反应和反应性 第九章 激发态 第十章 溶液中的反应 附录A 理论背景 附录B Gaussian输入方法简介 运行Gaussian Unix/Linux平台: 运行gaussian前要设置好运行参数,比如在C Shell中,需要加这两句 setenv g94root directory / directory指程序的上级目录名 source $g94root/g94/bsd/g94.login 然后运行就可以了.比如有输入文件,采用C Shell时的运行格式是 g94 h2o.log Windows平台: 图形界面就不用多说了 输入输出文件介绍 在Unix系统中,输入文件是.com为扩展名的,输出文件为.log; 在Windows系统中,输入文件是.gjf为扩展名,输出文件为.out. 下面是一个输入文件 #T RHF/6-31G(d) Test My first Gaussian job: water single point energy 0 1 O -0.464 0.177 0.0 H -0.464 1.137 0.0 H 0.441 -0.143 0.0 第一行以#开头,是运行的说明行,#T表示指打印重要的输出部分, #P表示打印更多的信息. 后面的RHF表示限制性Hartree-Fock方法,这里要输入计算所选用的理论方法 6-31G(d)是计算所采用的基组,就是用什么样的函数组合来描述轨道 Test是指不记入Gaussian工作档案,对于单机版没有用处. 第三行是对于这个工作的描述,写什么都行,自己看懂就是了. 第二行是空行,这个空行以及第四行的空行都是必须的. 第五行的两个数字,分别是分子电荷和自旋多重度. 第六行以后是对于分子几何构性的描述.这个例子采用的是迪卡尔坐标. 分子结构输入完成后要有一个空行. 对于Windows版本,程序的图形界面把这几部分分得很清楚.输入的时候就不要再 添空行了. 输出文件 输出文件一般很长,对于上面的输入文件,其输出文件中, 首先是版权说明,然后是作者,Pople的名字在最后一个. 然后是Gaussian读入输入文件的说明,再将输入的分子坐标转换为标准内坐标, 这些东西都不用去管.当然,验证自己的分子构性对不对就要看这个地方. 关键的是有SCF Done的一行,后面的能量可是重要的,单位是原子单位,Hartree, 1 Hartree= 4.3597482E-18 Joules或 =2625.500 kJ/mol=27.2116 eV 再后面是布居分析,有分子轨道情况,各个轨道的本征值(能量),各个原子的电荷, 偶极距. 然后是整个计算结果的一个总结,各小节之间用\分开,所要的东西基本在里面了. 然后是一句格言,随机有Gaussian程序从它的格言库里选出的(在l9999.exe中,想 看的可以用文本格式打开这个文件,自己去找,学英语的好机会). 然后是CPU时间,注意这不是真正的运行时间,是CPU运行的时间,真正的时间要长一些.如果几个工作一起做的话(Window下好像不可能,Unix/Linix下可以同时做多个工作),实际计算时间就长很多了. 最后一句话,Normal termination of Gaussian 94很关键,如果没有这句话,说明工作是失败的,肯定在什么地方出错误了.这是这里应该有出错信息.根据输入文件的设置,输出文件还要多一些内容,上面的是基本的东西. 第一章 计算模型 1.1 计算化学的方法主要有分子理论(Molecular Mechanics)和电子结构理论(Electronic Structure Theory). 两者的共