tutor speptide例子的翻译[精选].docVIP

Gromacs online 教程上面的一个关于speptide的模拟的教程： 模拟的对象是一种由胰脏分泌的消化酶Ribonuclease A被subtilisin（枯草杆菌蛋白酶）切割后产生的S多肽复合物，叫Ribonuclease S-peptide，具有催化活性。由于Ribonuclease S-peptide这种小的肽链在水溶液中含有大量的alpha螺旋结构，所以针对这种小肽链人们展开了很多实验和理论方面的研究。 关于s－peptide的所有文件都在目录 tutor/speptide之中。我们可以从蛋白数据文库当中获得所需的关于s-peptide的初始结构的文件。事实上，Ribonuclease S有很多的结构，我们只从中挑选了一个结构，取其头20个残基作为切割后的s－peptide的结构存入184speptide.pdb文件中。可以用命令 more speptide.pdb 来浏览pdb文件的内容。 如果有像rasmol这样的分子作图程序，还可以将分子在屏幕上显示出来： rasmol speptide.pdb 用Gromacs进行分子动力学模拟的七个必要步骤： 将pdb文件转换成一个Gromacs结构文件（.gro）和一个Gromacs拓扑文件（.top）； 将蛋白（多肽）溶解(in water)； 能量最小化； 加上必须的离子（对于speptide而言这步可以省略。）； Short MD run，目的是为了进行一次位置受限的MD； Full MD； 数据分析。 em, pr, md每一模拟都要收敛！逐步模拟方法使模拟过程平稳不易崩溃！ 以下详细描述如何在speptide的模拟中完成这些步骤。 如何由pdb文件产生gro和top文件？ 可以由pdb2gmx程序产生gro和top文件，命令如下： pdb2gmx -f speptide.pdb -p speptide.top -o speptide.gro 注意命令行参数中，输出文件的扩展名必须正确。这样，在程序运行中就只需要选择力场便可以了，选择0。其实还可以在pdb2gmx程序中选择粒子注入，在多肽的N端或者是C端加上一些残基。可以使用命令 pdb2gmx -h 来查看关于pdb2gmx命令的参数的详细描述。 pdb2gmx程序产生了一个分子拓扑文件speptide.pdb和一个gromacs结构文件speptide.gro，gro文件包括氢原子的位点。Pdb2gmx的-p参数和-o参数是可选的，如果我们没有输入这两个参数，将默认产生topol.top和conf.gro文件。现在可以来看看pdb2gmx文件的输出文件speptide.gro和speptide.top more speptide.gro more speptide.top 可以看出，gro文件和pdb文件非常类似，只是文件版面稍有不同，而top文件中则包含了像原子类型，原子之间的键，以及其他一些附加信息。 将多肽溶解于一个充满水的周期盒子中 用editconf和genbox来完成这件事。Editconf可以产生一个由用户指定的方形盒子来放置多肽，genbox则读取多肽结构文件，然后往盒子当中填充水分子。 Editconf -f speptide -o -d 0.5 Genbox -cp out -cs -p speptide -o b4em 这个程序包括很多与用户指定的参数有关的信息，像盒子的体积和水分子的数量。Genbox还将修改speptide.top文件使之在分子拓扑结构中包括水分子。可以通过speptide.top文件的末尾部分看出来。 tail speptide.top 可以看到这样一些行： [ system ] ; Name Number Protein 1 SOL N 其中，N是由genbox加入系统中的水分子数目。 这个过程也可以将目标分子溶解于其他的溶剂当中，如dimethylsulfoxide (DMSO二甲亚砜）。 产生参数文件ndx 大部分的Gromacs程序将会从系统的原子集合中选择一些最普通的原子作为子集产生索引组（index group），比如蛋白，骨架和溶质等。但是如果要选择其他的原子作为原子组，可以用make_ndx程序来产生特殊的ndx文件。这是一个和用户互动的程序，用户可以对分子，残基和原子进行操作。以下命令可以启动这个程序： make_ndx -f b4em 只是在现在的speptide当中用不着。 能量最小化 能量最小化的作用是消除肽链中由于加入氢原子而引入的局域限制以及消除加入溶剂分子之后引入的close contact。Mdrun是gromacs中用来完成能量最小化和分子动力学模拟的程序。但是，mdrun的输入文件是tp