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ModFit LT manual
ModFit LT
------细胞周期的分析软件
细胞周期分析是细胞生物学、肿瘤学等学科重要的研究及检测指标,大量的文献已证实,DNA细胞周期的分析对反映一个细胞群体的增殖活性具有重要意义,尤其对肿瘤细胞周期的分析,不仅有助于研究药物的作用机理,指导用药;还可检测治疗的反应及评价预后。
ModFit LT是由美国Verity Software House公司设计,专门用于流式细胞术中进行细胞周期分析的软件。它通过对DNA含量直方图进行曲线拟合,能快速计算出各种倍体细胞的含量、细胞周期各时相及亚二倍体细胞所占的比例、DNA指数、G0/G1期峰的变异系数等。此外,2.0版本还增加了“同步化分析”和“增殖分析”的功能,可分别进行同步化细胞和增殖细胞的研究。
运用ModFit LT进行自动分析
从苹果菜单下进入ModFit LT
在工具栏中点击File,选定所要分析的数据文件,单击Open
打开Edit菜单,分别对Debris,Aggregates和Fit Apoptosis Peak进行定义,以便软件根据样本的具体情况选择合适的分析模式
?用ModFit LT进行任何分析之前,都必须定义所要分析的样本的类型,软件本身不能得出任何关于样本的资料,比如说,是新鲜样本,冻存组织还是石蜡切片?有无聚集体?有无凋亡等。
在工具栏中单击Auto键
软件开始自动分析样本,寻找峰的位置,确定倍体,选择合适的分析模式,进行非线性的最小二乘法分析,最后显示结果,而所有这些分析过程仅须几秒钟的时间。
通过点击工具栏中的Diags键,我们可以检验这次分析的合理性,评估的标准是根据DNA Consensus Conference所提出的来确定的。
可使用自动分析的样本通常比较典型,因此复杂的样本不适合用自动分析。
运用ModFit LT进行手动分析
如ModFit LT在自动分析过程中无法正确确定峰值的位置或样本的倍型,或者你希望自己选择分析的模式,那么你可以用手动分析来实现。
在工具栏中点击File,选定所要分析的数据文件,单击Open
选择用于DNA分析的参数:FL2-A
设门。软件最多允许同时设两个门,点击Gate 1或2前的小方框,然后单击Define the Gate,选择合适的X轴和Y轴,将门移动到所要分析的细胞群上,单击OK
单击工具栏中的Mod键或选择Analysis菜单中的Choose Model
在这个对话窗口中需要你来描述你所得到的样本的信息,比如说,样本的类型,有无异倍体等。每一个有关的资料都会影响到最终分析模式的选择。
═选择碎片拟合的模式:新鲜/冻存,石蜡切片,没有碎片(不进行碎片分析);
═选择倍型:异倍体,二倍体,四倍体;
═若有异倍体,则须确定是一个还是两个异倍体;
═选择细胞聚集体分析模式:有聚集体,没有聚集体,或自动检测(软件自行判断有无需要拟合聚集体);
═选择是否拟合二倍体的S期:如异倍体的G0/G1期峰与二倍体G0/G1期峰明显分开,我们对每一个细胞周期的S期都能够进行拟合,则选择Fit Diploid S;如异倍体的G0/G1期峰与二倍体G0/G1期峰靠得非常近,则选择No Diploid S;
═选择能否看得见明显的G2/M期峰:Visible G2/M,Indistinct G2/M(软件将自动把G2/M期峰的位置固定在两倍于G0/G1期峰的位置;
═选择是否拟合凋亡:Fit Apoptosis,No Apoptosis;
═选择有无标准参照物:No Standards,One Standard,Two Standards;
═根据这些资料,软件选择分析的模式并将其显示在对话窗的下部;
═单击OK确认并关掉对话窗。
软件打开分析模式,确认每个峰所在的位置,并将Range放置于不同的峰上
如若软件对于各个峰的确认不太正确,你需要移动Range,将其放在正确的位置:
═将E1 Range放置在碎片峰的起始;
═确认D1 Range是否在二倍体的G0/G1期峰上,这个Range不一定将整个峰都包括在内,只要在峰的中心位置即可;
═移动A1 Range将其放置在异倍体G0/G1峰的中心位置;
═移动D2 Range将其放置于二倍体G2/M期峰的中心位置或是两倍于G0/G1期峰的位置;
═移动A2 Range将其放置两倍于异倍体G0/G1峰的道数,即异倍体G2/M期的位置;
═若T1 Range出现,你可以不去移动它的位置,它只是用来激活软件分析聚集体的功能;
═最后,需要将E2 Range放在这个直方图的最右边,用来识别碎片的终止位置;
这样,各个Range都各就各位了,可以开始进行分析了。
单击工具栏中的Fit键,软件开始以最小二
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