基于SRAP分子标记的海南沼虾种群遗传多样性分解.pptVIP

基于SRAP分子标记的海南沼虾种群遗传多样性 相关序列扩增多态性(Sequence—related amplified polymorphism，SRAP)是一种新型的基于PCR的标记系统，为共显性标记，是由美国加州大学蔬菜系Li与Quiros博士于2001年在芸薹属作物开发出来。 该标记通过独特的双引物设计对基因的ORFs(Open reading frames)的特定区域进行扩增，上游引物长17bp，对外显子区域进行特异扩增。下游引物长18bp，对内含子区域、启动子区域进行特异扩增。因不同个体以及物种的内含子、启动子与间隔区长度不同而产生多态性。 该标记具有简便、高效、产率高、高共显性、重复性好、易测序、便于克隆目标片段的特点。目前已成功地应用于作物遗传多样性分析、遗传图谱的构建、重要性状的标记以及相关基因的克隆等方面. 摘要： SRAP:分子标记技术的要点: 该标价采用复兴便问过增发，考虑到较低的温度有利于两引物与DNA上的靶位点结合。 同AELP相比，两者引物核心序列存在许多相似性，但SRAP引物较AFLP引物更能反映历史性。 SRAP并不需要高浓度与高纯度的DNA 由于扩增产物都分布在基因组的转录区，该区域受选择的压力大，结构相对保守，SRAP在揭示不同的品种遗传多样性方面更优于SSR SRAP与EST：都能够得到低水平表达基因的片段，但前者在基因检测上将更加均匀。 海南沼虾(Macrobrachium hainanense)隶属于甲壳纲十足目长臂虾科沼虾属。 由于在河口附近繁殖且耐低温能力较弱, 仅分布于浙江省瓯江及其以南的福建、广西、广东、海南等省入海的河流中, 是我国除罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)和日本沼虾(Macrobrachium nipponense)之外的又一种重要的淡水经济虾类。 本文采用SRAP分子标记对浙江瓯江、福建闽江、广东珠江、海南昌化江和万泉河5个种群的海南沼虾遗传多样性进行分析, 以了解我国海南沼虾种质资源现状以及其种群间的遗传分化情况, 为海南沼虾种质资源保护和开发利用提供指导。 材料与方法： 一、实验方法： 1.DNA提取方法;酚–氯仿抽提法 2.SRAP-PCR反应： 反应体系参照日本沼虾SRAP反应体系(姚建华等, 2008)。 94℃预变性5 min; 94℃预变性1min, 35℃退火1 min, 72℃延伸1 min, 共5个循环;94℃预变性1 min, 50℃退火1 min, 72℃延伸1 min,共35个循环; 72℃延伸10 min; 4℃保存。 3.电泳检测:扩增产物经8%浓度聚丙烯酰胺凝胶电泳分离,传统银染法显示扩增位点 4.数据处理与分析 对获得清晰可重复的DNA条带进行统计, 有带记为1, 无带记为0, 构成遗传相似矩阵。SRAP电泳图谱中的一条带即代表一个位点, 在同一电泳迁移位置上, 扩增位点清晰记为1, 否则记为0, 组成一个0、1矩阵 表2.用于海南沼虾SRAP分析的引物信息 讨论 SRAP标记的多态性：本文采用筛选出多态性较好的15对SRAP引物组合对5个海南沼虾种群进行了遗传多样性分析,发现海南沼虾的SRAP目的片段主要集中在100–900 bp之间。15对引物组合表现出较高的多态性,多态性位点比例为47.05%, 表明SRAP标记能够在海南沼虾种群中检测出较多的遗传位点, 可用于海南沼虾遗传多样性分析、遗传连锁图构建、QTL定位等。 遗传多样性分析：两个种群及其杂交代遗传杂合度，0.175–0.197, 本文5个海南沼虾种群多样性指数相近, 遗传杂合度水平在0.1657–0.1892之间, 与罗氏沼虾遗传杂合度水平相当。