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利用微卫星技术对狗牙根遗传图谱进行扩增
摘要
狗牙根品种的遗传连锁图谱使用了来自T89和T574的118个三倍体,这118个三倍体富集与表达了序列标签衍生的简单重复序列(EST-SSR)。引物来源于53个富含制造75分离标记物的EST,其中的28个可以映射到T89和T574遗传图谱。随着先前生成的标记数据,26个T89连锁群和八个T574连锁群,形成使用4.0的赔率(LOD)值。该T89和T574连锁图谱跨越1055 cM和311.1 cM,其中包括125和36单剂量扩增片段(SDAFs)。许多SDAFs显示二体分离,因此T89可以是一个异源的四倍体。通过增加标记密度在地图上附加EST-SSR标记增值,并可以很容易地转移到其他狗牙根资源中。此外,EST-SSR标记可以立即用于评估材料的遗传多样性,确定非突变狗牙根品种,确认谱系,并从“天堂草品种衍生污染物中分化出来。
百慕大既是最好的暖季型草坪草,又是优良的牧草,同时也是世界四大恶性杂草之一。SDRFs或者可作为仅在交叉父母一方染色体
的单剂量扩增片段标记存在,因为SDAFs存在于1:1的配子,它们可以被用来
制图在多倍体倍性水平或染色体配对。随着SDAF映射可以为每个材料分别产生一个连锁图谱。形成的四个同源四倍体是用双亲的采用155 SDRFs地图。对于T574(二倍体)地图,77 SDRFs形成7同源集。随着T89和T574具有61%和62%的标记覆盖映射其基因组,分别附加标记填补缺口以及链接同源联动群体。近日,狗牙根抗性基因类似物已被识别并添加到地图。增加标记密度,需要映射的特征,如线虫宽容,根长和草坪质,这可能是两个亲本之间的不同。因此,这样做的研究目的是开发EST-SSR标记,同时可用于鉴定同源连锁群和丰富的狗牙根遗传图谱。此外,这些SSR标记是要评估一组密切相关的基因型和用于识别单一栽培种质的基因型之间差异。
材料和方法
W.汉纳(格鲁吉亚,蒂夫顿大学,GA)创造了T89三倍体作物群体。从狗牙根品种天堂草,JonesDwarf,FloraDwarf,Tifdwarf,老鹰草,冠军,Tifway,Tifway II,TifSport和TifGrand中获得节子,获得了两次奖励。
倍体分析。三倍体倍性水平得到了证实。从盆栽分离新鲜组织(?0.5平方厘米)使用是双刃剃须刀切碎,加入600毫升核提取缓冲液(PARTEC,明斯特,德国)以释放核。将该淤浆倒入50毫米的过滤器并加入1.6毫升PARTEC DAPI染色缓冲溶液,在PAS-Ⅲ流式细胞仪上用PARTEC细胞分析器对至少5000个荧光颗粒进行计数。T89和T574被用作控制因素,
三倍体倍性levelwas加入T89 T574,并且每个样品的F1代和
未知GAP1(G1)峰的确认证实是控制在G1峰之间。
简单重复序列生成。使用PureLink DNA纯化试剂盒从118 F1田间生长的个体提取DNA,根据基因型T89,对含143个SSR EST的序列进行鉴定,但不通过聚合酶链反应证实。引物使用引物3的侧翼SSREST序列(见表1)。SSR扩增和荧光标记检测使用的是改进的M13尾引物法。.PCR反应总体积为在0毫升,包括2μL5×buffer 、1μL模板DNA2.5ng/μL、1μLMg2+2.50mmol/L、0.8μLdNTP0.25mmol/L、1.0μL Primer、0.04μL Taq DNA聚合酶、3.16μL Sterile water。具体扩增程序为:94℃预变性3min,94℃变性30s,50-60℃退火1min,72℃延伸70 s,循环39次;72℃延伸10min,4℃。E-AAC M-CAT, E-AAC M-CTC, E-AAC M-CTT, E-AAG M-CTA, EACA M-CAA, E-ACC M-CTT, E-AGG M-CAA, E-AGG MCAC,E-AGG M-CAG, E-AGG M-CAT, and E-ECG M-CAT。基因的存在或不存在,视觉是无法确定的,我们我们对加入的每个标记进行编码表示,编码为“1”表示存在一个基因,编码为“0”表示一个基因的缺失,或“9”表示缺失数据。利用相似的骰子系数成成一个所有对线之间的遗传相似性矩阵,相似性矩阵通过使用非加权类聚类分析创建了一个NTSYSpc模块。
使用500引导重复的软件程序FreeTree进行引导重采样(Hampl
,2001年)等。
多态性片段的鉴定“狗牙根草”产生的突变体和污染物。
扩增产物是从设计好的53条引物组合中产生的,含一个单一样品杂交狗牙根的SSR标记,两“矮生”类型(BT1,BT3)和两个控制矮生的样品(BT2,BT4),“floradwarf ,琼斯矮,冠军,“miniverde
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