【2017年整理】PAML 中文说明.docVIP

PAML: 最大似然法分析系统发育Phylogenetic Analysis by Maximum Likelyhood版本：4.3（2009年9月）Ziheng Yang马向辉翻译1、概述PAML (for Phylogenetic Analysis by Maximum Likelihood) 是一个用最大似然法分析蛋白质或DNA序列系统发育的一个程序包。1.1 PAML 文件：除了这个手册以外，以下资源也需要注意：PAML网站： HYPERLINK http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/PAML.html http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/PAML.html。在这个网站上有PAML的下载以及编译程序;PAML FAQ页面： HYPERLINK http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/pamlFAQs.pdf http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/pamlFAQs.pdf;PAML讨论群： HYPERLINK /phpBB2/ /phpBB2/，在这里你可以提出你的问题，或者提出你发现的漏洞。1.2 PAML 可以做些什么？PAML 的最新版本包含一下几个程序模块：baseml, basemlg, codeml, evolve