第四篇分子进化与系统发育分析.pptVIP

进化树的可靠性分析 单纯由预先获得的多序列比对结果数据所推导出的进化树有时并不一定可靠。 改进办法：引进一些统计分析来寻找更优的进化树，检验结果的可靠性。 最常见的就是bootstrap评估。 第四节，系统发育分析软件介绍 相关软件 Phylip软件包介绍 由华盛顿大学遗传学系开发，免费的系统发育分析软件包。 目前最广泛使用的系统发生分析程序，主要包括以下几个程序组：分子序列组，距离矩阵组，基因频率组，离散字符组，进化树绘制组。 访问及免费下载地址：/phylip.html Phylip软件包介绍 Phylip包含了35个独立的程序，这些独立的程序都实现特定的功能，这些程序基本上包括了系统发生分析的所有方面。 多种不同平台的版本（包括windows，Macintosh，DOS，Linux，Unix和OpenVMX）。 Phylip软件包的文档是非常详细的，对于每个独立的程序，都有一个独立的文档，详细的介绍了该程序的使用及其说明。 Phylip软件包的应用 1，根据你的分析数据，选择适当的程序 如，你分析的是DNA数据，就在核酸序列分析类中选择程序（dnapenny，dnapars，dnamove，dnaml，dnamlk，dnainvar，dnadist，dnacomp ） 2. 选择适当的分析方法 如你分析的是DNA数据，可以选择简约法（DNAPARS），似然法（D