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拓扑教程
此处命名要为:1 拓扑软件的使用流程(MOF-5为例) 点击这个笔状(Run IsoCryst )的图形,弹出这个窗口 一般都不用重新设置,【重新设置:点Default键,Matrix(选 Sectors、Solid Ang.、Dist. +Rsds、 Atom) 】 Zn4O结构 再次点击点击这个笔状(Run IsoCryst )的图形,仔细查看配位环境,发现MOF-5为Zn4O构型,只需断开对苯二甲酸的C-O键,即可把Zn4O作为节点断开 再找到C-O键,将其设置为氢键,点save即可 双击这个,弹出这个窗口 发现结构已经分为Zn4O和配体两部分了 再次查看配位环境 点击Options,具体设置如下图所示 点击Run ADS 命名为1 点击Run 发现拓扑已经简化,但是还有很多游离的分子,有时候还有错误的单连接 新窗口,再点击笔 点击OK即可,再次点击笔查看构型,如图所示 按图点击,可以除去游离的东西 把Save Centroid的勾取消,点击OK即可 再次运行ADS,点击其中Options 点击Element,再点击Ti,点击OK,发现Ti变黑了,再点击OK,弹出了下页的窗口 点击Run 简化拓扑后的键长 拓扑的连接方式以及拓扑的符号 如图所示的点击,随便起个名存成CIF的文件,在Diamond中方便继续画图 打开简化拓扑的CIF 点击这个 点击红圈 发现原子不是连接着的 点击完成 参照第13页PPT可以知道Ti-Ti键长为12.916?,我们将红圈的键长改为13吧(大于12.916即可,也别太大);再点Connect Now。 点击连接性的按钮 最后得到这样的拓扑图 * 拓扑软件的使用流程(MOF-5为例) 点击这个两个圈(Run AutoCn)的图形,弹出这个窗口 可以查看配位环境 拓扑软件的使用流程(MOF-5为例) 拓扑软件的使用流程(MOF-5为例) 拓扑软件的使用流程(MOF-5为例) 拓扑软件的使用流程(MOF-5为例) 拓扑软件的使用流程(MOF-5为例) 点击Whole Molecule,弹出新的窗口,见下页PPT 拓扑软件的使用流程(MOF-5为例) 拓扑软件的使用流程(MOF-5为例) 拓扑软件的使用流程(MOF-5为例) 拓扑软件的使用流程(MOF-5为例) 拓扑软件的使用流程(MOF-5为例) 拓扑软件的使用流程(MOF-5为例) 拓扑软件的使用流程(MOF-5为例) Diamond软件继续画MOF-5拓扑 的使用流程 Diamond软件继续画MOF-5拓扑 的使用流程 Diamond软件继续画MOF-5拓扑 的使用流程 Diamond软件继续画MOF-5拓扑 的使用流程 Diamond软件继续画MOF-5拓扑 的使用流程 *
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