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DNA定序
DNA测序(DNA sequencing,或译DNA定序)是指分析特定DNA片段的碱基序列,也就是腺嘌呤(A)、胸腺嘧啶(T)、胞嘧啶(C)与鸟嘌呤的(G)排列方式。RNA测序则通常将RNA提取后,反转录为DNA后使用DNA测序的方法进行测序。目前应用最广泛的是由Frederick Sanger发明的Sanger双脱氧链终止法(Chain Termination Method)。新的测序方法,例如454生物科学的方法和焦磷酸测序法。
Sanger测序法
Sanger(桑格)双脱氧链终止法是Sanger于1975年发明的。测序过程需要先做一个PCR反应。PCR过程中,双脱氧核糖核酸可能随机的被加入到正在合成中的DNA片段里。由于双脱氧核糖核酸多脱了一个氧原子,一旦它被加入到DNA链上,这个DNA链就不能继续增加长度。最终的结果是获得所有可能获得的、不同长度的DNA片段。目前最普遍最先进的方法,是将双脱氧核糖核酸进行不同荧光标记。将PCR反应获得的总DNA通过毛细管电泳分离,跑到最末端的DNA就可以在激光的作用下发出荧光。由于ddATP, ddGTP, ddCTP, ddTTP(4种双脱氧核糖核酸)荧光标记不同,计算机可以自动根据颜色判断该位置上碱基究竟是A,T,G,C中的哪一个。
454生物科学和焦磷酸测序法
454测序法由454生物科学发明,是一个类似焦磷酸测序法的新方法。2003年向GenBank提交了一个腺病毒全序列,使得他们的技术成为Sanger测序法后第一个被用来测生物基因组全序列的新方法。454使用类似于焦磷酸测序的方法,有着相当高的读取速度,大约为5小时可以测两千万碱基对。
已测序的生物指其基因组已经被完全测序的生物。其中部分生物的DNA序列已经被完全注释,功能性的片段(如基因等)已作图。借助於基因组研究及高通量处理等技术,越来越多的生物的全部基因被人们获得。自从1995年以来已经有150个基因组被解密,将近每个星期有新的物种添加进来。
已测序的生物列表
下表是目前爲止已经被相当完全测序的生物。
古菌
Aeropyrum perni - Archaea aus japanischen Thermalquellen
Archaeoglobus fulgidu - Schwefel-Archaea
Halobacterium spec - Archaea aus Salzseen
Methanobacterium thermoautotrophicu - Methanproduzierender Archaea
Methanococcoides burtoni - k?ltetolerante und aerobe Archaea aus dem Ace Lake, Antarktis
Methanococcus jannaschi - Tiefseearchaea an Black Smokern
Methanococcus maripalud - Archaea aus Salzseen in Georgia
Methanogenium frigidu - k?ltetolerante und aerobe Archaea aus dem Ace Lake, Antarktis
Methanopyrus kandler - Tiefseearchaea an Black Smokern
Methanosarcina acetivoran - Archaea aus ?lquellen, Kuhm?gen u. a.
Methanosarcina maze - Archaea mit der F?higkeit Acetat u. a. abzubauen
[equitans - Archaea an hei?en Quellen, Parasit anderer Mikroorganismen
Pyrobaculum aerophilu - Archaea aus hei?en Quellen
Pyrococcus abyss - Tiefseearchaea an Black Smokern
Pyrococcus furiosu - Tiefseearchaea an Black Smokern
Pyrococcus horikoshi - Tiefseearchaea an Black Smokern
Pyrolobus fumari - Tiefseearchaea an Black Smokern
Sulfolobus solfataricu - Archaea aus hei?en Schwefelquellen
Sulfolobus t
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