虚拟分子对接解析.ppt

目的： 评判配体分子和受体结合能力的强弱。 含义： ① 先对同一个分子的不同结合构象，评价各构象的结合好坏。 ② 再对数据库中的不同分子的最好结合构象进行评价，以得到最终的结合能力从高到低的化合物分子清单。 (四) 打分函数 打分函数 1、基于立场的打分函数 2、半经验的自由能打分函数 3、 基于知识的打分函数 4、“一致性”打分 (五) 成功实例 人碳酸酐酶与其抑制剂复合物 2002 年Grunberg 等采用基于分子对接的虚拟筛选方法成功地找到了多种人碳酸酐酶（humancarbonic anhydrase）的抑制剂。在整个设计过程中，他们采用了多次初筛的办法将Maybridge 数据库（61 186 个分子）和LeadQuest 数据库（37 841 个分子）进行过滤。首先利用Lipinski 的“5 规则”将数据库缩小为5 904 个；然后利用FlexS 与已知抑制剂进行相似性筛选，得到了100 个候选化合物；最后将这100 个分子利用FlexX 程序进行对接筛选，从中挑选出13 个进行生物活性测试，结果7 个分子的IC50 值达到了微摩尔级别。见图。 抗艾滋病药物的发现——虚拟筛选 艾滋病病毒, 人类免疫缺陷病毒 human immunodeficiency virus, HIV 1.HIV-1蛋白酶（HIV-PR）, 所催化的水解反应在艾滋病病毒导入人体细胞过程中起着重要的作用2.高效的HIV-PR抑制剂为治疗艾滋病的有效药物3.肽类HIV-PR抑制剂生物性质不稳定，吸收性差，易被代谢分解，因此口服给药无效 1. X-射线晶体结构 2. 搜寻数据库 3. 生物测试: 高选择性, 高活性( Ki = 0.1 nM) 抗SARS冠状病毒药物的设计——基于SARS-CoV 3CL蛋白酶的虚拟筛选 严重急性呼吸道综合征 病原体——SARS冠状病毒 SARS-Cov 感染宿主细胞起重要作用的结构蛋白 ? E蛋白（small envelope protein，小信封蛋白） ? S蛋白（spike glycoprotein，刺突糖蛋白） ? M蛋白（membrane protein，膜蛋白） ? N蛋白（nucleocapsid protein，核衣壳蛋白） ? 多聚酶（polymerase） ? 类3C蛋白酶（3C like proteinase, 3CL） 3CL蛋白酶作为抗SARS药物筛选靶点的优点 ? 在冠状病毒复制过程中起着重要作用 ? 有许多已知抑制剂，便于迅速开发 ? 较易表达，有利于加紧研究 ? 有较高的同源性，可用同源法模建三维结构模型 步骤1. 同源模建 (1) 3CL蛋白酶序列(GenBank)与各类冠状病毒蛋白酶序列（PDB）作序列分析和同源性分析（BLAST程序） 人冠状病毒；鼠科肝炎病毒；猪传染性腹泻病毒；猫传染性腹膜炎病毒；禽传染性支气管炎病毒；猪冠状病毒；传染性胃肠炎病毒 (2) 传染性胃肠炎病毒（TGEV）的蛋白酶Mpro与3CL蛋白酶有极高的同源性，特别在底物结合口袋（活性部位） (3) 以TGEV Mpro的X-射线晶体结构为模板，模建3CL蛋白酶三维结构（Sybyl 6.8 / SiteID程序） 结果 （1）所建模型与TGEV Mpro 晶体结构基本重叠 （2）3CL蛋白酶的折叠方式与TGEV Mpro相同，结合口袋的结构以及空间特征几乎一样 3CL蛋白酶结构与Mpro蛋白酶晶体结构的重叠图 3CL蛋白酶的缎带模型 步骤2. 分析酶-配体作用模型 两种蛋白酶的结合部位(Sybyl 6.8 / MOLCAD程序) 中,小分子C能以同样的方式与两种酶的结合口袋契合 A. TGEV MPRo蛋白酶 B. SARS 3CL蛋白酶 C. 蛋白酶抑制剂 两种蛋白酶的底物结合口袋的表面特征 ∴ 3CL蛋白酶模建模型或TGEV Mpro的晶体结构均可作为筛选抗SARS药物的结构模型 步骤3. 虚拟筛选 以SARS冠状病毒3CL蛋白酶三维结构模型和TGEV Mpro 为筛选模型 作虚拟筛选（SGI Origin 3800超级计算机和392CPU的神威1号超级计 算机）ACD数据库、MDDR数据库、SPECS数据库、中国天然产物数据库 （CNPD）和国家药物筛选中心内部样品库——共数十万个化合物 （1） DOCK 4.0作初筛， 选出得分高的前1000个化合物； （2）用Cscore软件和AutoDock 3.0软件作评价，从每个数据库中挑选出100个得分最高的化合物 结果：共找到300个可能具有抗SARS冠状病毒潜力的候选化合物 步骤4 药理测试 （1）用病毒3CL蛋白酶分子水平筛选模型筛选候选化合物——发现了7个具有高活性的化