structure2.3-中文讲稿.docVIP

Structure 2.3使用手册 Jonathan K. Pritcharda Xiaoquan Wena Daniel Falushb 1 2 3 a芝加哥大学人类遗传学系 b牛津大学统计学系 软件来自 /structure.html 2010年2月2日 1我们在Structure项目中的其他的同事有Peter Donnelly、Matthew Stephens和Melissa Hubisz。 2开发这个程序的第一版时作者（JP、MS、PD）在牛津大学统计系。 3关于Structure的讨论和问题请发给在线的论坛上：structure-software@。 在邮递问题之前请查对这个文档并搜索以前的讨论。 1 引言 程序Structure使用由不连锁的标记组成的基因型数据实施基于模型的聚类方法来推断群体结构。这种方法由普里查德（Pritchard）、斯蒂芬斯（Stephens）和唐纳利（Donnelly）（2000a）在一篇文章中引入，由Falush、斯蒂芬斯（Stephens）和普里查德（Pritchard）（2003a，2007）在续篇中进行了扩展。我们的方法的应用包括证明群体结构的存在，鉴定不同的遗传群体，把个体归到群体，以及鉴定移居者和掺和的个体。 简言之，我们假定有K个群体（这里K可能是未知的）的一个模型，每个群体在每个位点上由一组等位基