Clustal的使用.docVIP

Clustal的使用?1.Clustalx?2.Clustalw序列同源性分析：???? 是将待研究序列加入到一组与之同源，但来自不同物种的序列中进行多序列同时比较，以确定该序列与其它序列间的同源性大小。这是理论分析方法中最关键的一步。完成这一工作必须使用多序列比较算法。常用的程序包有CLUSTAL等；Clustal是一个单机版的基于渐进比对的多序列比对工具，由Higgins D.G. 等开发。有应用于多种操作系统平台的版本，包括linux版，DOS版的clustlw，clustalx等。CLUSTAL是一种渐进的比对方法，先将多个序列两两比对构建距离矩阵，反应序列之间两两关系；然后根据距离矩阵计算产生系统进化指导树，对关系密切的序列进行加权；然后从最紧密的两条序列开始，逐步引入临近的序列并不断重新构建比对，直到所有序列都被加入为止。 Clustalx的工作界面（多序列比对模式） Clustalx的工作界面（剖面(profile)比对模式） Clustal的工作原理 Clustal输入多个序列快速的序列两两比对，计算序列间的距离，获得一个距离矩阵。邻接法(NJ)构建一个树（引导树）根据引导树，渐进比对多个序列。 Clustal的应用1.输入输出格式。输入序列的格式比较灵活，可以是前面介绍过的FASTA格式，还可以是PIR、SWISS-PROT、GDE、Clustal、GCG/MSF、RSF等格式。 输出格式也可以选择，有ALN、GCG、PHYLIP和NEXUS等，用户可以根据自己的需要选择合适的输出格式。 2.两种工作模式。?? a.多序列比对模式。?? b.剖面(profile)比对模式。 3.一个实际的例子。输入文件的格式(fasta)： KCC2_YEAST?NYIFGRTLGAGSFGVVRQARKLSTN……DMK_HUMAN?DFEILKVIGRGAFSEVAVVKMKQTGQVYAMKIMNK…….KPRO_MAIZE?TRKFKVELGRGESGTVYKGVLEDDRHVAVKKLEN……DAF1_CAEELQIRLTGRVGSGRFGNVSRGDYRGEAVAVKVFNALD……1CSN?HYKVGRRIGEGSFGVIFEGTNLLNN…… 来源：(/s/blog_4a215df70100g9tx.html) - 多序列比对与Clustal的使用(一)_雪地里的稻草人_新浪博客 第一步：输入序列文件。 第二步：设定比对的一些参数。 参数设定窗口。 ?第三步：开始序列比对。 ? ?第四步：比对完成，选择保存结果文件的格式 Clustalw的使用(一) ? 来源：(/s/blog_4a215df70100g9tz.html) - 多序列比对与Clustal的使用(二)_雪地里的稻草人_新浪博客 Clustalw还提供了命令调用形式的使用方式，方便于批处理过程，下面是一个典型的执行多序列比对的clustalw命令： $ ./clustalw –infile=dna.fa –type=dna –gapopen=10 –gapext=2 –output=gcg –outfile=align.gcg -align EBI提供的在线clustalw服务http://www.ebi.ac.uk/clustalw/ 可以在这里得到更多关于clustal的帮助：http://www-igbmc.u-strasbg.fr/BioInfo/ClustalX/Top.html ?