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第十章 微生物的分类和鉴定 生物种类150余万种,其中微生物为15万~20万种。 分类学的任务 第一节 通用分类单元 种以上的系统分类单元 界 Kingdom 门 Phylum(或Division)——亚门 纲 Class ——亚纲 ——超目 目 Order ——亚目 科 Family ——亚科 ——族 ——亚族 属 Genus 种 Species 微生物的命名 菌株名称——在种名后面自行加上数字、地名或符号等,如: Bacillus subtilis AS1.389 AS=Academia Sinica Bacillus subtilis BF7658 BF=北纺 Clostridium acetobutylicum ATCC824 丙酮丁醇梭菌 ATCC=American Type Culture Collection 美国模式菌种保藏中心 ◆当文章中前面已出现过某学名时,后面的可将其属名缩写成1~3个字母。 如:Escherichia coli 可缩写成 E.coli Staphylococcus aureus可缩写成 S. aureus 第二节 微生物在自然界的地位 生物的界级分类学说:是在认识发展过程中存在的对生物分类的不同阶段的不同观点。 如:二界系统、三界系统、四界系统、五界系统、六界系统和三原界系统 三原界系统是1978年由R.H.Whittaker和L.Margulis提出的。 所有生物存在一个共同祖先,由它分三条进化路线,就形成了三个原界:古细菌原界(Archaebacter)、真细菌原界、真核生物原界 提出了内共生学说,主要是Margulis的贡献 三原界系统示意图 第三节 各大类微生物的分类系统纲要 第三节 各大类微生物的分类系统纲要 原核生物分类系统纲要——伯杰氏系统细菌学手册 真菌界分类系统很多,各国采用不同的系统,比较混乱。近年来为较多人接受的是Ainsworth的纲要。 第四节 微生物的鉴定 主要步骤:纯化、测定一系列必要的指标、查找权威性鉴定手册 鉴定技术的不同水平: 细胞的形态和习性:形态特征、运动、酶反应、营养要求及生长条件等 细胞组分水平:细胞壁成分、氨基酸库、脂类、醌类、光合色素等的分析 蛋白质水平:氨基酸序列分析、凝胶电泳和血清学反应等 基因或DNA水平:核酸分子杂交、(G+C)mol%、转化和转导、16SrRNA寡核苷酸族分分析、DNA或RNA核苷酸序列分析等 数值分类法 即统计分类法,在200年前M. Adanson(1727~1806,法国植物学家)发表的分类原理基础上结合现代计算机技术发展而来的。 主要观点: 在一个分类群中,其所含信息量越大,即分类所依据的性状越多,其分类效果也越好; 顺序建立自然分类单元时,每个性状都是等权的; 任何两分类实体间的整体相似性,都是由每一对的相似性计算而来的;能够由类群间相似性的差异识别不同的分类实体; 如果给予有关进化途径和机制的某些假定,可以从组群的分类学结构或从性状相关上作出种系发生的推论; 分类学应作为一门经验科学来看待和实践; 数值分类学是以表象相似性为基础的。 数值分类的基本步骤 计算两菌株间的相似系数 Ssm = SJ = 列出相似度矩阵 将矩阵图转换成树状图 微生物横跨整个生物界的四个界, 有十几万个种。 一、细菌的分类 1. 细菌分类的依据 (1)形态特征 在显微镜下观察的个体形态特征 在各种培养基上表现的的群体形态特征 (2)生理生化特性 (3)生态特征 (4)血清学反应 美国宾夕法尼亚大学的 细菌学教授伯杰(D.Bergey,1860-1937) 2.《伯杰氏鉴定细菌学手册》(Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology) 伯杰氏手册是目前进行细菌分类、鉴定的最重要依据,其特点是描述非常详细,包括对细菌各个属种的特征及进行鉴定所需做的实验的具体方法。 1957年第七版后,由于越来越广泛地吸收了国际上细菌分类学家参加编写(如1974年第八版,撰稿人多达130多位,涉及15个国家;现行版本撰稿人多达300多人,涉及近20个国家)。 有中文版,把细菌分十九个部分。 《伯杰氏系统细菌学手册》 (Bergey’s Manual of Sys
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