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生物信息学作业 COILS数据库的构成、使用方法和相关资源简介 二级结构：是指以多肽链为主链骨架盘绕折叠而形成的结构，是多肽链的局部空间结构。 卷曲螺旋：是由两股或两股以上α螺旋相互缠绕而形成超螺旋结构的总称。该结构存在于多种天然蛋白质中，如转录因子、膜蛋白等，在基因调分子识别等方面发挥了重要的生物学功能。 COILS的简介 是目前主流预测卷曲区域工具。它基于Lupsa算法，由Swiss EMBNet维护。用户既可以把COILS下载到VAX/VMS操作系统上使用，也可通过简单的Web界面使用。 预测方法：将序列与已知的平行双链卷曲螺旋数据库进行比较，得到相似性得分，并据此算出序列形成卷曲螺旋的概率。 网址：/software/COILS_form.html ●窗口参数 ●打分矩阵 ●加权 ●序列格式 窗口参数  Colied-coil区域一般是由7残基为单位组成，以abcdefg位置表示，其中a和b位置为疏水氨基酸，而其他位置残基为亲水性。因此在选项“Windows width”中一般选择7的倍数，默认是用全部窗口参数搜索。 打分矩阵 “Matrix”选项中提供了两个打分矩阵：MTK和MTIDK。MTK是根据肌球蛋白、原肌球蛋白和角蛋白序列得到的打分矩阵；或MTIDK，是根据肌球蛋白、原肌球蛋白、中间纤维类蛋白Ⅰ-Ⅴ、桥粒蛋白和角蛋白得到的打分矩阵。程序作者引述了两种矩阵的适用特点：MTK更适合检测双链结构，而MTIDK适合其它情形。 打分矩阵每次沿着氨基酸位点计算每个位点的分值，然后将每个窗口的分值换算成概率。 加权 通过加权后和未加权分值的结果做比较，如果其概率值相差20%~30%，表明高分值片段是由氨基酸偏好所引起的假阳性。 序列格式 AC 蛋白质注册号　由于数据的合并与增删，一个记录可能有几个注册号，以第一个注册号为准；但一般情况下，一个记录只有一个注册号。 ID X_Y　X代表蛋白质名称的记忆码，至多4位；Y代表蛋白质的生物来源，至多5位，一般前3位是属名，后2位是种名。 例如K22E-HUMAN 预测结果图：显示沿着序列各个部分形成卷曲螺旋的倾向性 二、BCL-2基因在10个物种 Homo sapiens, Xenopus laevis, Gallus gallus ,Mus musculus, Bos taurus ,Rattus norvegicus ,Capra hircus ,Pan troglodytes ,Canis lupus familiaris ,Felis catus 中ClustalW序列比对分析、MEGA系统进化分析 、MEME进行保守位点分析。 BCL-2基因（即B细胞淋巴瘤/白血病-2基因）是一种原癌基因，它具有抑制凋亡的作用，并且近年来的一些研究已开始揭 示这一作用的机制。目前已经发现的BCL-2蛋白家族按功能可分为两类，一类是像BCL-2一样具有抑制凋亡作用，而另一类具有促进凋亡作用。 BCL-2基因在10个物种中的位置： gi|262050657|ref|NM_001166486.1| Bos Taurus giref|NM_001002949.1| Canis lupus familiaris gi|548519521|ref|XM_005697325.1| PREDICTED: Capra hircus giref|NM_001009340.1| Felis catus gi|758371883|ref|NM_205339.2| Gallus gallus giref|NM_000633.2| Homo sapiens gi|545477919|ref|NM_009741.4| Mus musculus gi|694971627|ref|XM_001145537.2| PREDICTED: Pan testroglody gi|8392973|ref|NM_016993.1| Rattus norvegicus gi|225735550|ref|NM_001146093.1| Xenopus laevis 三 耗牛基因组序列及其适应性进化 耗牛是我国西部高寒高海拔地区特有的家畜,主要分布在我国青藏高原海拔3000米以上的地区。耗牛经过长时间的自然选择,能够适应高海拔地区寒冷和低氧的自然环境,是研究极端环境适应性的模式物种之一。兰州大学于2011年应用第二代高通量测序技术完成了耗牛基因组序列图谱的绘制工作;并通过与其低海拔黄牛的基因组序列比较,对耗牛在基因组水平上的适应性进化进行了深入分析。 通过评估耗牛和黄牛谱系特异的选择压力