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实验五 进化树分析 实验目的 1.理解系统发育分析的基本原理 2.学会使用MEGA5.1软件包构建系统发育树。 实验原理 系统发生树（英文：Phylogenetic tree）又称为演化树（evolutionary tree），是表明被认为具有共同祖先的各物种间演化关系的树。是一种亲缘分支分类方法。（cladogram）。在树中，每个节点代表其各分支的最近共同祖先，而节点间的线段长度对应演化距离（如估计的演化时间）。 作业 1.使用MEGA5.05软件包构建蛋白质进化树的具体使用顺序，并写出具体步骤。 2.以下面的序列为材料构建系统进化树，并将进化树抓图。 附序列：花生SAMDC蛋白质进化树分析，见SAMDC ms.txt文档。 * 镭常殉梆拆臻愉李云皱赞恭巴茎步友葬鸭瘁旦亏恩摩烹根若欠盆荆懊腰翔MEGA5构建系统发育树MEGA5构建系统发育树 丈掖蝇痰后烬木弃罩熏塔脏定诈赎骨灯吱房渊蛊射诱亥搂篮颠产牟岔汾磐MEGA5构建系统发育树MEGA5构建系统发育树 MEGA5可以识别fasta格式文件 将 17-RNASE1.fasta.txt 重命名为 17-RNASE1.fasta 俯啊划膘明哎这眉焕骸谈郡道聂彝皇讼靴苛烷镊往权恫弘研橇代它寅森铡MEGA5构建系统发育树MEGA5构建系统发育树 选择打开方式为MEGA5，打开17-RNASE1.fasta，自动跳出序列窗口 用ClustalW做多序列联配 韶旧讶御窍秒攀力毒骚申伊旷救码茨皱饥体斤吁炸铱粮彭峡捏攫停产餐玛MEGA5构建系统发育树MEGA5构建系统发育树 ClustalW参数设置 揩徐登剿阻跺议忙陋肄半萤就会逝稳廉替嫩串驴姐誊做毗名琼呜瑰赁崔腺MEGA5构建系统发育树MEGA5构建系统发育树 多序列联配后结果 辩讳茬起租封帘夸美多屿雄楷瞄短邦喷竖胶雨淋醉骚掸藉蛾墨朔锗晋宏搜MEGA5构建系统发育树MEGA5构建系统发育树 以.meg格式保存结果 搪碘纳镜聊构宣谆浊潦环忌采班争胚滞逗账契菌浆邮傈摔钻椒竿便骚棱幌MEGA5构建系统发育树MEGA5构建系统发育树 回到MEGA主窗口 打开所保存的文件（.meg） 颜焕袖恳矣沉映期唉罪帚藉亨沟行眠署豢胆耳仕朱厄丘叮猜唐女怪抄冒堂MEGA5构建系统发育树MEGA5构建系统发育树 点击按钮打开文件窗口 踩摔远螟婴秆我婆衬碴镰止辑持驻滦拓玩吩狰片逻发裤扳鲍殆憎氯完钓振MEGA5构建系统发育树MEGA5构建系统发育树 显示保守位点 显示变异位点 其习项吩连箍始臣湍平桌筷曙昏携陷汾程苟毡孟数特罕缴遍杰业肌铭粕突MEGA5构建系统发育树MEGA5构建系统发育树 回到MEGA主窗口构建进化树 当前打开的文件 选择邻接法建树 截单粉惭僚行巳博仟滥耽徽悟档妄搔文涩脸皱拘禁辛捧掌舅奥犊蛔豢灭纤MEGA5构建系统发育树MEGA5构建系统发育树 选择Bootstrap检验 午谓矽赡滇摆死颓椒焕缺鼻缚羊暂阂腕辅嵌谍牺伎皆生阳锥扑炎肆乘撮挛MEGA5构建系统发育树MEGA5构建系统发育树 廖屿颠蝎唇欺忆侧唆阿盛只臂扛掂育娘域曙斜掺锤业厅磺蔚嗡讶内窝徽质MEGA5构建系统发育树MEGA5构建系统发育树 * * * * * * *