日本血吸虫基因组工作框架图.pptVIP

日本血吸虫基因组工作框架图 上海，2006年5月16日 承担单位： 国家人类基因组南方研究中心 中国CDC 寄生虫病预防控制所 参加单位： 上海生物信息技术研究中心 上海交通大学医学院 复旦大学生命科学院 中国科学院上海生命科学研究院 中国科学院北京基因组研究所 中国农科院家畜寄生虫病研究所 生物芯片上海工程研究中心 血吸虫病 －中国最严重的寄生虫疾病之一 2000多年的历史 20世纪50年代初，流行与沿长江流域的12省、区、市，1亿人口受威胁，1160万人受感染 7个省仍有血吸虫病流行 ● 局部传播严重 ● 新疫区增加 ● 逐步向城市蔓延 2004年2月，国务院成立了血吸虫病防治工作领导小组 ● 由国务院副总理吴仪任组长。 ● 强调要抓住源头，综合治理，依靠科技进步，加快防治药品开发，增加药品产量，提高药品质量，为人民群众提供高效、低毒、廉价的防治药物，坚决遏制血吸虫病疫情回升势头。 所面临的问题 预防 ● 群体化疗和有限的钉螺控制，难以有效地阻断传播和控制人群的反复感染 ● 候选疫苗有效保护率低下（30－40％） 诊断 ● 粪便检查的依从性下降,大量人群的粪检费时费力 ● 依然缺乏快速、简便、准确的检测现症感染及疗效考核的方法 国际血吸虫基因组研究计划 日本血吸虫基因组工作框架图 日本血吸虫基因组工作框架图序列公布 我国首次对一个人体寄生虫进行全基因组测序 正式向上海市研发公共服务平台生命科学与生物技术数据中心提交 向全世界公布共计300多万个DNA序列数据和序列拼装数据 血吸虫病及其他寄生虫病相关研究机构和科学家共享这一研究成果 谢 谢！ * * 王升跃 国家人类基因组南方研究中心 科技部 “863” 计划重大专项 科学院 “知识创新工程”重要方向项目 上海市 “基础研究”重大项目 联合攻关项目 世界性的寄生虫疾病 流行于76 国家和地区，主要为发展中国家 感染人数 2.5 亿，威胁人群 5-6 亿 死亡人数 1.5-2 万/年，重症和伤残病人 2 千万人 WHO重点控制的寄生虫病之一 近年全国血吸虫病疫情出现上升趋势 ● 胡锦涛主席重要指示：做好血吸虫病防治工作关系到人民的身体健康和生命安全，关系到经济社会发展和社会稳定。 ● 吴仪副总理要求：再经过七八年的努力，力争在全国基本控制血吸虫病。 2004年5月，全国血吸虫病防治工作会议： 治疗 ● 单一药物：吡喹酮 ● 潜在的药物耐受性 耕牛感染的控制 ● 80%的传播归因于耕牛 ● 耕牛化疗的覆盖率低 日本血吸虫 曼氏血吸虫 转录组 EST 84,449/14,963 163,586/30,988 蛋白质组 蛋白质 3200 基因组 南方中心,寄生虫病所 TIGR/Sanger Inst. 覆盖率 6X 7X 测序战略－全基因组随机测序法 染色体 Plasmid 2- 10 kb Fosmid ±40 kb BAC ±100kb 基因组 DNA 测序 组装 基因组序列 文库构建 全基因组测序和拼装 序列拼装 0.14 37,045,742 740 70,630 BAC 6.49 1,751,434,914 658 3,329,078 总计 0.07 19,840,987 620 40,356 Fosmid 2.14 577,869,876 580 1,188,934 Plasmid-L 4.14 1,116,678,309 702 2,029,158 Plasmid-S 覆盖率 X 序列总长度 bp (Q20) 平均序列长度 bp 序列数 克隆文库 90 323.8 176,311 4.689 SuperContigs(8.8k) 100 359.6 151,707 21,651 Total SuperContigs 81 290.8 200,282 2,513 SuperContigs(25k) 100 343.7 5,362 10,5181 Total Contig 83.2 285.8 6,399 52,772 Conig (2kb) 基因组 ％ 总长 Mb 长度 (N50) bp 个数 基因组 蛋白质组 寄生虫的基本生物学 特征 2. 与宿主的相关关系 3. 生物界中进化的过程 转 录 组 重要功能基因 生物信息学 线索: 诊断 疫苗 新药 这个项目早在上世纪末本世纪初，由我们南方中心主任陈竺院士、寄生虫所冯正研究员和国内几位专家已开始酝酿，推动、组织。最后由国家科技部、中国科学院和上海市联合支持，正式立项。日本血吸虫基因组研究得以全面展开。 这个项目